可以先做腹腔镜肾囊肿手术，然后再做体外碎石或输尿管软镜碎石术。可以进行体外碎石进行手术治疗。肾结石合并有肾囊肿治疗上需要根据结石与囊肿大小综合考虑。
肾结石疼痛可以使用以下方式治疗，具体分析如下：
肾结石的疼痛表现为体位变化，结石下行时可能会有腰腹部胀痛，治疗疼痛的方法有很多。比如应用山莨菪碱、间苯三酚、黄体酮等解痉止痛的药物。也可以使用体外碎石术。另外，肾结石可以通过微创手术来解决，比如经皮肾镜和输尿管软镜，具有创伤小、出血少、恢复快等特点，可以在短时间内出院。
有左肾部结石的症状是不会引起右腰部胀痛。而左肾结石只会引起左侧肾区部位有明显的绞痛，或者是胀痛的症状。而右部的胀痛，主要与右侧的腰部肌肉、筋膜或者是右肾部的结石有关。
肾结石的复发率是非常高的，尤其是对有结石史。研究发现，饮食是导致肾结石的一个重要原因。结石在排石治疗后需要注意：日常生活注意饮食多喝水，保证每天喝水量达到3000ml。多运动。做上下运动，如跳跃、爬楼梯等。控制钙的摄取量。
治疗肾结石首先要看你结石的大小，如果结石小于0.6厘米的话，建议可以用一些排石的药物进行排石，如果大于一厘米的话，建议可以选择体外碎石进行治疗，平时可以多喝一些水，多运动有助于排石。
对于有肾结石的人，如果疼痛明显时，建议及时通过手术将结石取出，建议要多饮水，多运动，在日后的饮食上不能吃的过于油腻，动物的内脏尽量少吃，烧烤，油炸，腌制品的食物也不能吃。