自然流产第三天了腰疼可能是多种原因导致的，具体分析如下：
如果女性在自然流产后三天会感到腰痛，可能是由于受了某种寒气的刺激，也可能是由于没有休息好，也可能是由于工作过度导致的。在流产后要多休息，不要过度劳累，不要做太多的体力活，要让自己的情绪得到充分的释放。同时要注意保持外阴的卫生，经常更换卫生巾，在一个月之内不能同房。需要到医院做个全面的检查，确定是什么导致了自然流产，然后才能对症治疗。
怀孕后自然流产可能是胚胎或胎儿染色体异常、感染性疾病、黄体功能不全等原因造成的。
1.胚胎或胎儿染色体异常：胚胎或者胎儿出现染色体的数目或者结构异常时，可导致胚胎或者胎儿无法正常发育，引起自然流产的现象。
2.感染性疾病：如果孕妇出现了带状疱疹病毒、风疹病毒等感染，会导致病原体通过母体传染给胎儿，对胎儿的发育造成一定的影响，严重时也会引发自然流产。
3.黄体功能不全：如果孕妇出现了黄体功能不全，导致孕酮分泌不足，影响到胚胎或者胎儿的发育，使孕妇出现了自然流产。
4.其他：严重贫血、过度紧张、不良生活习惯等也可能会引起怀孕后自然流产的现象，需要做相应的鉴别和诊断。
怀孕总是自然流产可能是以下三种原因导致的：
1、染色体异常
2、内分泌失调过度的雌激素和黄体酮缺乏也是早期流产的原因。由于在妊娠12-14周期间，胎盘形成期代替了妊娠期黄体功能，易发生内分泌失调，特别是黄体功能不全。
3、另外男性因素，比如精子染色体异常，精子畸形率异常增高也可导致复发性流产。
4、血型不匹配，由于以前怀孕或输血，有害因素在母体中产生抗体。
自然流产对许多年轻的女人来说都是一种心理上的损伤。自然流产在各个阶段有差异。
1、过早自然流产的最大病因就是胎儿的生长发育，在精卵融合的时候，会出现精子或者卵子不正常，或者是不健康的，80%的人会在怀孕3个月以内自然流产。
2、妊娠中期或者妊娠后期自然流产对女性造成的损害比较严重，主要是因为其他的一些问题，比如胚胎的生长，或者是子宫功能不全等。
考虑是有子宫内膜炎的可能。可以口服药物来进行消炎治疗，同时服用些相关医药来帮助子宫的恢复。在流产后可以做一个腹部彩超检查，监测一下是否有宫内残留。平时饮食上以清淡饮食为主，多吃鸡蛋、瘦肉、鱼类。
停孕后3-4天就会出现自然流产，这与生殖内分泌有关，在胚胎的早期发育阶段，雌激素、孕激素、绒毛膜促性腺激素是三种激素水平。如果体内缺乏内源性荷尔蒙，就会引起胎儿的生长停滞。如果体内有某种抗体，就会影响到胎儿的发育，从而引起生殖免疫问题。如果是子宫出了问题，就不能怀孕了。染色体问题，包括夫妻双方、外界污染、辐射等。所以在怀孕之前要做好详细的孕前检查。