要想治好肛周脓肿，只能通过手术的方法进行治疗。手术治疗是手术治疗的最主要的方法，主要采用抽脓减压、切开排脓的治疗方法，根据不同位置的肛周脓肿，采用不同的手术方式。低位脓肿，直接切开。马蹄脓肿，切开加旷置。高位脓肿，挂线术。高位脓肿-等压引流术，药物治疗。可以口服抗生素、使用外用药物或者内用药物进行治疗，主要起辅助作用。
肛周脓肿，在各大城市三甲医院都可以治疗，如果已经出现肛周的脓肿，一般的治疗方法就是手术治疗，局麻下给予手术切开引流脓肿，将脓肿里的脓液排出，减轻肛周的疼痛、肿胀感。对脓肿内给予消毒，用碘伏、双氧水冲洗，之后放入药条，每天进行常规的换药，使脓肿能够逐渐的减小。根据肛周脓肿的病因，再进行下一步的治疗，多数都是肛瘘引起的，可能需要再次切除肛瘘。
肛周脓肿去正规医院比较好。肛周脓肿是肛门周围软组织间隙的化脓性感染，处理不当容易形成肛瘘。对于肛周脓肿，早期可以采取温水坐浴，使用抗生素控制感染，如果已经有脓液形成，就应该尽早到正规医院切开引流处理。要清淡饮食，多吃蔬菜和水果，多喝水，避免油腻辛辣刺激性食物，注意休息，避免烟酒刺激，不要挤压肿块。
了肛周脓肿，先感到肛门周围出现了一个小硬块或肿块，继而疼痛加剧、红肿发热、坠胀不适、坐卧不宁、夜不能眠、大便秘结、排尿不畅呈里急后重等直肠刺激症状，并随之出现全身不适、精神疲惫乏力、体温升高、食欲减退、寒战高热等全身中毒症状。为了避免疾病引起严重的危害，肛周脓肿应及时接受。
脓肿形成早期，可采用抗感染治疗，包括针对需氧菌及厌氧菌的抗生素、中药清热解毒、疏泻通宣，通便、热水坐浴、理疗、休息等。脓肿一旦形成，即行切开引流。脓肿大且全身症状重者，除根据临床和药敏试验选择有效抗生素外，尚需辅以支持对症治疗。治疗时需要去正规大医院。
肛周脓肿是因直肠炎症等蔓延到周围形成是一个浓腔，脓液较少时可以通过大剂量的消炎药治疗，但脓液较多时应该要切开引流，肛周脓肿如果不及时处理，浓腔破溃后就发展形成肛瘘，肛瘘治疗就相对复杂了，所以建议在医生的指导下消炎治疗，如果浓液太多没法控制，要尽快切开引流。