手指指甲的霉菌感染，目前主要的治疗方式是局部治疗。效果比较明显的是阿莫罗芬搽剂，涂抹前要先将病灶的指甲刮得很薄，涂抹时要注意对周围的肌肤进行保护。如果外用药物没有明显的作用，可以服用特比萘芬，伊曲康唑，氟康唑等抗真菌药物。指甲上的霉菌是一种很难治愈的疾病，需要长期的治疗。另外也要注意自己的身体和公众的健康，尽量不要去碰指甲。
眼睛真菌感染主要是应用抗真菌药物，包括眼睛局部用药，全身口服抗真菌药物。例如两性霉素b、纳他霉素、酮康唑，氟康唑，伊曲康唑、特比萘芬等。丝状真菌首选5%纳他霉素，念珠菌首选两性霉素b。开始可以1-2小时滴眼1次，好转后可以降低频率。严重病例也可以口服特比萘芬或伊曲康唑等。药物治疗无效，手术清创和角膜移植，波及玻璃体，进行玻璃体切割联合眼内注射抗真菌药。
真菌感染导致的体癣也要重视，特别是要及时的进行治疗，可以使用一些有用的药膏。不要吃有刺激性食物，在治疗期间暂停所有的化妆品，多吃肉类，牛奶等高动物蛋白食品，少吃饮料，小食品等方便食品。
脚趾有真菌感染，首先，平常不要用手去抓挠患处，以免造成感染，平时要注意个人卫生，勤换鞋袜，也可以用醋兑水泡脚，具体用药，谨遵医嘱。真菌感染主要会导致脚上出现有臭味，同时脚上皮肤会脱皮，也有可能会导致脚上有发红，有瘙痒等不舒服症状同时有可能还会传染的，在平常不要吃刺激性和辛辣的食物，要以饮食清淡为主。
需要口服抗真菌的药物，不过所有的抗真菌药几乎对于身体伤害比较大，尤其对于肝脏。在服用抗真菌药之前，要先体检，尤其肝功，如果身体受不住，那还不如不服药，在服药期间也要监测肝功，如果有什么异常，马上找处方医师。
真菌感染的龟头炎治疗首先就要将包皮龟头清洗干净，保持干燥。因为真菌一般都是在阴暗潮湿的环境下生长，破坏这种生长环境，真菌一般都会慢慢治疗好。也可以在龟头上涂抹抗真菌药膏，一般3到5天就可以治疗好。不主张口服抗真菌的药物，都是以局部用药为主。
