子宫内膜异位和卵巢巧克力囊肿的主要症状都是以痛经为主，就是每次来月经的时候都有疼痛，而且痛经的症状表现为越来越剧烈，而且随着时间的推移，痛经的症状越来越严重。如果子宫内膜异位到盆腔、卵巢或者是输卵管中，会引起巧克力囊肿。子宫内膜异位可能会导致不孕不育。巧克力囊肿会表现为月经过多或月经不规则等表现，妇科检查可以发现卵巢增大，通过B超检查可以看到比较典型的卵巢囊肿的征象。
这两个是属于不同的疾病，子宫内膜异位症是由于子宫内膜移位于正常的宫腔向宫腔以外的组织生长，巧克力囊肿一般是由于体内的激素水平升高，形成的淤血块，发现之后立即通过手术进行切除之后再做个病理，子宫内膜异位症会导致进行性痛经，也可以通过手术进行治疗，或者是使用一些激素类的药物进行治疗。
巧克力囊肿也被称为卵巢子宫内膜异位囊肿，是子宫内膜异位症的一种病变。囊肿非常大，症状十分明显，是需要通过做手术切除治疗的，囊肿不是特别大，病症不严重时，可暂时采取保守治疗。
子宫内膜异位症和巧克力囊肿就一个病。巧克力囊肿是属于子宫内膜异位症的一种，子宫内膜异位症是子宫内膜组织生长在子宫以外的部位。如肾，膀胱，消化道，卵巢等。巧克力囊肿可以说是子宫内膜异位症的一种病变，是病变发生在卵巢，渐渐的发展为囊肿，出血形似巧克力，所以叫巧克力囊肿。
子宫腺肌症是子宫内膜异位症的一种特殊情况，也属于子宫内膜异位症，两者的区别主要是：子宫腺肌症的发病部位在子宫上，而一般是子宫内膜异位症的发病部位大多数在卵巢上。宫内膜异位症的主要病理变化为异位内膜周期性出血及其周围组织纤维化，形成异位结节。
通常情况下，巧克力囊肿和子宫腺肌症可以通过药物、手术等来治疗。具体分析如下：
巧克力囊肿是子宫内膜异位到卵巢后，内膜增生形成的囊肿，囊肿内有血瘀如同巧克力糊状。巧克力囊肿可以口服雌激素治疗，减少内膜增生，缩小囊肿，还可以在宫腔内放置节育环，释放孕激素，抑制囊肿生长。还可以通过巧囊切开引流术，彻底清除病灶。
子宫腺肌症是子宫内膜生长到了子宫的肌层，一般应用芬必得等非甾体抗炎药来缓解痛经，然后进行腺肌症病灶切除术。
