衣原体肺炎的治疗需要选用药物敏感。在选择抗生素时要特别注意，要保证一个完整的疗程，以免出现反复。阿奇霉素、红霉素等药物的用量过少，或疗程过短，往往无法彻底控制细菌，就会引起长时间的咳嗽，甚至是连续几个月的咳嗽，所以在治疗的时候要注意足够的剂量，充分的疗程。
一般情况下，小儿衣原体肺炎要做衣原体抗体检查、血常规、痰液咽拭等。
1、衣原体抗体检查：诊断标准为双份血清抗体滴度4倍以上升高。
2、血常规：血白细胞总数一般正常，嗜酸性粒细胞增多。
3、痰液咽拭|可以从中分离出肺炎衣原体。还可以用PCR的方法对呼吸道标本进行DNA扩增，寻找衣原体感染的证据，进行明确诊断。
衣原体肺炎可以采用大环内酯类的药物进行治疗，也可以对症进行处理。衣原体肺炎可能会出现咳嗽、咽部声音嘶哑、咽喉疼痛、头痛等症状。可以在医生的指导下，服用止咳化痰的药物进行治疗，也可以服用清咽利喉的药物进行治疗。情况严重的采用大环内酯类的药物进行治疗。衣原体肺炎治疗期间，需要注意休息，尽量不要吃油腻的食物。
肺炎衣原体阳性会传染，肺炎衣原体是一种人类致病原，属于人-人传播，可能主要是通过呼吸道的飞沫传播，也可能通过污染物传染。年老体弱、营养不良、慢阻肺、免疫功能低下者容易被传染。感染后免疫力很弱，容易反复。治疗上首选红霉素，也可以选用多西环素和克拉霉素，疗程均为14-21天。呼吸氟喹诺酮类也可以选用。对于发热、干咳等可以对症治疗。
衣原体肺炎顾名思义，就是衣原体感染以后出现的肺炎，衣原体是一种很小的微生物，介于细菌和病毒之间的生物。它可以感染肺，也可以感染泌尿生殖道，感染了肺就会出现肺炎，感染泌尿生殖道，就是尿道炎以及生殖系统的炎症。
