可以服用抗生素抗感染治疗，然后局部涂抹乳膏，每次排便后用温水清洗肛门，保持肛周的局部清洁，但是如果肛瘘反复发作，瘘口比较多，形成了复杂性肛瘘，使用保守的治疗方法效果不好，要选择手术治疗，主要是手术切开引流。
脱肛从中医来说属于中气不足，脏器下垂所致，治疗可以口服中药补气的药物。从西医来说属于提肛肌等固定直肠的一些肌肉功能下降。如果到了十分严重的地步，就需要进行手术治疗了。治疗期间不能蹲位排便，要立位、侧卧位或仰卧位排便，如能坚持1～2个月，有可能会治好。
崴脚以后首先要注意的是，不要立即进行热敷，要立即进行冷敷治疗，固定扭伤部位，不要再让扭伤部位受到外部伤害。通常扭伤后２４小时内，局部可用凉水或酒精冷敷，以促进止血，减少血肿的形成和疼痛。２４～４８小时之后，才可进行热敷，以改善血液循环。
肛瘘一旦确诊要手术，吃药和打针都没有治疗意义。手术之后伤口完全长好，需要一个半月左右的时间。术后需要每天换药，换到伤口完全长好，要多休息避免运动，饮食清淡。
肛瘘的治疗目标是尽可能减少括约肌损伤，消除肛瘘内口和任何相通的上皮化瘘管。手术治疗原则是将瘘管全部切开，必要时将瘘管周围瘢痕组织同时切除，使伤口自基底向上逐渐愈合。根据瘘管深浅、曲直，可选用挂线疗法、肛瘘切开或切除术。少数可行肛瘘切除后一期缝合或游离植皮。
