全身不良反应:常见发热、疲劳乏力、头痛、头晕、恶心;偶见咽喉疼痛、肌肉疼痛、咳嗽、腹痛、关节疼痛、活动异常(活动减少/增多)口干、食欲不振、腹泻、过敏、胸闷。三岁以下的孩子不能打甲流疫苗。
以下人员不适合接种甲流疫苗：对鸡蛋或疫苗中任何其他成分（包括辅料、相关药物、裂解液等），特别是卵清蛋白过敏者；患急性疾病、严重慢性疾病、慢性疾病的急性发病期、感冒和发热者；格林巴利综合症病人；未控制的癫痫和患其他进行性神经系统疾病者；严重过敏体质者，对相关药物过敏者；年龄小于3岁者。以上6个人群，医生认为不适合接种甲流疫苗。
甲型H1N1流感疫苗的禁忌证为患急性疾病、严重慢性疾病、慢性疾病的急性发作期，甲流疫苗和乙肝之间没有关联只要肝功和DAN正常稳定，是可以打甲流疫苗的，但是如果乙肝病毒携带者处于急性发作期或者程度较严重则应禁止接种，体内虽然有病毒，但是并没有损伤自身的肝脏细胞，所以也是和病毒，属于和平共处的，接种的甲流疫苗，也仅仅是预防同价效的甲型流感病毒。
如果小儿处在发热等身体欠佳的状态下，暂时不要接种这种疫苗。等身体完全康复后才可以接种这种疫苗，一定要在接种后注意观察，出现什么状况，有时候还会发出现发热的情况。
感冒不建议打乙肝疫苗。在感冒期间不建议接种乙肝疫苗。乙肝是一种很常见的传染性疾病，所以要做好乙肝疫苗的接种，打3针疫苗后，人体会产生较强的保护性抗体，从而达到防止乙肝病毒传播的目的。在注射乙肝疫苗的时候要注意保持身体的健康，如果患上了感冒等急性期的疾病，就不能进行乙肝疫苗的注射，因为会引起某些反应，从而影响到某些情况。要注意避免服用肾上腺皮质激素、免疫抑制剂等，对于某些特定的病症，应尽量避免注射，以免影响免疫功能，从而造成免疫失败。
轻微感冒不建议打疫苗，因为人在感冒期间身体抵抗力比较差，疫苗是灭活细菌或病毒，这个时候会形成感染并发症，导致发烧影响身体健康。如果在感冒时期打疫苗，会影响抗体产生失去疫苗本身的功效，一般建议感冒康复两周以后再去打疫苗，有助于产生抗体，对身体比较好，感冒期间，患者要多喝水，多休息，可以服用感冒类药物来治疗，比如清热解毒颗粒。
