巧克力囊肿平时一般会引起痛经明显，这可结合B超检查帮助诊断，进一步确诊要通过手术切除到组织送病理检查明确。一般对于5厘米以上的囊肿，应尽早手术治疗较好，以免囊肿继续增大，影响增大也会对生育不利。
巧克力囊肿是卵巢的子宫内膜异位症，是最常见的一种，主要症状与子宫内膜异位症一样，表现为继发性痛经，进行性加剧，同时伴有明显的经期下坠和稀便。去正规专业的医院进行检查和治疗。行经前后，避免一切寒凉食品。必须注意进食过热的汤、菜，生冷食物都是不能吃的；肥厚油腻，易于滞瘀，少食为好，清淡疏利之品较为适宜。
卵巢巧克力囊肿是一种疾病，具体分析如下：
卵巢巧克力囊肿是因为子宫内膜异位在卵巢深处，经血无法及时排出，从而滞留在卵巢中，形成了一个囊肿，这种囊肿一般都是巧克力糊状，也就是所谓的卵巢巧克力囊肿。卵巢巧克力囊肿是由于子宫内膜异位所致，会出现痛经、月经紊乱等情况，甚至会出现不孕的情况。卵巢巧克力囊肿的治疗方法有两种，一是保守治疗，二是手术，如果病情不是特别严重，可以口服激素类药物。
有巧克力囊肿并不意味着无法怀孕。巧克力囊肿又称卵巢子宫内膜异位症囊肿，是引起痛经以及不孕不育的常见因素。如果是比较小的巧克力囊肿，临床症状不典型时可以先尝试怀孕，是有几率成功怀孕的。但是如果巧克力囊肿比较大，或者引起明显的痛经症状时，建议应该先进行手术治疗，同时在术后使用药物才能够提高术后的受孕概率。
B超发现卵巢囊肿，明确告知囊肿是良性还是恶性，是否诊断卵巢巧克力囊肿，这是不现实的。b超可判定盆腔是否有囊肿，囊肿位置及囊肿内部结构，但不能诊断子宫内膜异位症。子宫内膜异位症有时很难与卵巢恶性肿瘤、结核病和炎性肿块区分开来。