一般情况下，小儿原发性脑干损伤要做的检查有：颅脑CT和MRI检查、脑干听觉诱发电位检查和X线检查等。具体内容如下：
1.颅脑CT和MRI检查：小儿原发性脑干损伤要做颅脑CT和MRI检查，可以检查出脑干部位的挫伤及肿胀变化。
2.脑干听觉诱发电位检查：小儿原发性脑干损伤要做脑干听觉诱发电位检查，通过波形的波幅和潜伏期可以较准确地反映脑干损伤的平面及程度。
3.X线检查：小儿原发性脑干损伤要做X线检查，以便明确后颅窝骨折、高位颈椎骨折的情况，有助于脑干损伤的诊断。
一般情况下，小儿原发性脑干损伤可能是外伤、颈椎病变等原因引起的。
1、外伤：由坠落伤或较重的挤压、撞击伤所致，头部的钝性暴力可导致脑干直接撞击天幕游离缘，引起脑干挫伤、牵拉和扭转。
2、颈椎病变：小儿原发性脑干损伤可能是颈椎过伸或过屈导致下脑干或上颈髓的部分或完全撕裂伤导致的。
这个疾病多数情况下是不需要手术治疗的，维持生命体征的平稳，内环境的稳定，减轻脑细胞的水肿，可以使用强力的脱水药物来进行治疗。
原发性脑干损伤可通过创伤引起头部撞击，可导致脑干撞击颅骨板，或导致脑干损伤的脑组织运动或扭曲；或导致颅骨压缩、严重变形或脑室内脑脊液IMP的头部损伤。导致导水管周围或第四脑室底部受伤的行为。原发性脑干损伤常伴有弥漫性脑半球损伤。在严重的病例中，手术是必要的，晚期康复也很重要。
原发性脑于损伤在颅脑损伤中占有较大的比重，通常指暴力作用于枕部引起脑干为主的损伤，并于伤后立即发生持续时间较长的意识丧失或死亡。暴力作用于头部造成的原发性脑干损伤约占颅脑损伤的2%~5%，在重型颅脑损伤中占10%--20%。脑干内除了颅神经核。
一般来说，脑干损伤的临床表现如下：
一、意识障碍，一般是在伤后立刻出现持续的轻度的深度昏迷。
二、眼球和眼珠发生变化。在中脑受伤的早期，左右眼眶大小不一。两侧的瞳仁变大，失去了对光线的反应。当两边受创时，两边的瞳孔会变大，而眼球会被固定住，则会导致两边的瞳孔急剧收缩。
三、脱脑强直是中脑损伤的一种症状，主要有两上臂过度伸长和内转。下肢过度伸展，身体呈角度弓反张。
四、锥体束症，主要表现为四肢麻痹、肌肉紧张、肌腱反射、神经反射、神经反射等。此外还有呼吸、心血管功能等方面的生命迹象。
一般来说，脑干损伤可通过药物治疗、日常调理的方式进行处理，具体分析如下：
针对出血引起的脑干损伤，建议通过手术的方式进行治疗；也可以用甘露醇进行脱水治疗，缓解症状；针对外伤或炎症引起的脑干损伤，可以在医生的指导下应用单唾液酸四己糖，神经节苷脂等药物，配合抗生素，糖皮质激素进行治疗。在日常生活中，患者要注意饮食健康，戒烟戒酒，以清淡和易消化的食物为主，忌辛辣刺激的食物，多吃新鲜的水果和蔬菜，少食多餐，不要暴饮暴食，保持心情舒畅，适当运动，比如慢跑、游泳等，有利于身体健康。