一般来说，打乙脑疫苗后发烧39度的原因如下：
疫苗的副作用可能会导致患者出现打乙脑疫苗后发烧39度的情况。正常情况下，发烧症状的时间不会持续太久，基本会在3天内缓解。口服布洛芬混悬液，多喝温水以及温水擦拭身体的物理降温方式都可以有效改善症状。
日常生活中，患者应注意多休息，避免过度劳累，保持心态平和，不要有太大的精神压力，还要注意个人饮食，多吃新鲜的蔬菜和水果，保证营养均衡，有利于身体恢复。
麻风疫苗和乙脑疫苗可以一起打，但一般不提倡一起打。麻风疫苗主要是为了预防麻疹和风疹，乙脑疫苗主要是为了预防流行性乙型脑炎。不提倡一起打是因为患儿在接种疫苗后，有时会出现不良反应和过敏反应。临床常见的有接种部位局部红肿、硬结、发热、腹痛、食欲不振等。若患儿同时接种两种疫苗可能会加重不适症状。
乙脑（减毒）疫苗和乙脑疫苗的区别，疫苗是一种病毒，而乙脑疫苗中的细菌经过技术处理完全丧失活性，而乙脑减毒疫苗仍保留一定的毒力但不足以致病，但缺点是免疫缺陷的人接种可能会导致意外，所以理论上灭活疫苗安全性更高，减毒疫苗免疫效果更好。
乙脑疫苗建议在5月份进行接种，夏季是乙脑疾病高发的季节，5月份打完乙脑疫苗后一个月左右基本身体就有抗体，因此这是比较合适的时间，7-9月不太适合打乙脑疫苗，这时候是乙脑高发的季节，接种是不太合适的。乙脑疫苗多注射两针，注射完可能会有发烧的情况，这是需要注意的。
如果条件好的，可以打免费的，效果可能比较好一些，接种乙脑疫苗的原因是为了预防感染乙型流行性乙型脑炎的，是很有必要给孩子接种的。给孩子接种相关疫苗就可以了，一定要按照疫苗卡上的要求，按时给孩子接种相关疫苗来预防感染。
一般情况下，宝宝接种了疫苗之后会发热，要根据发热的具体情况进行分析，比如咳嗽、打喷嚏、流鼻涕等，可以考虑是上呼吸道的疾病，可以口服小儿氨酚黄那敏颗粒、小儿头孢克肟、鲜竹沥口服液等药物进行治疗；宝宝出现腹泻、呕吐等症状时，可以口服妈咪爱、蒙脱石散、乳酸菌素片等药物进行治疗。体温38.5摄氏度以上要吃退烧药，没有明显的表现，可能是因为打了一针流感引起的发热，可进行物理降温。
