一般情况下，小儿功能性消化不良要做一般检查、胃镜检查。
一般检查包括现病史、既往史等询问，全身体格检查，了解患儿以前得过什么病，检查身体状况。胃镜检查主要是用于明确是否存在胃肠道疾病，排除可以解释症状的器质性疾病。功能性消化不良一经确认以后，应该遵医嘱给予对症治疗，缓解病人的症状，提高病人的生活质量。
功能性消化不良尚无特效药，更多的是选择对症下药，如抑制胃酸分泌药：适用腹痛伴有反酸为主要症状者。促胃肠动力药：适用于腹胀、早饱、嗳气为主要症状者。或选用调理性的中成药如四磨汤口服液，此药可以顺气降逆、消积止痛，有利于缓解多种肠胃不适症状。
用药时，患者首先应正确认识该疾病，明白其发病原因。养成良好的生活习惯，注意饮食卫生。避免暴饮暴食，饮食以清淡为主，多食易消化的食物，少吃油腻、辛辣刺激性食物。避免过量饮酒、吸烟，对便秘者可多吃香蕉等水果和蔬菜，经常按摩腹部，保持大便通畅。养成饭后活动的习惯，睡前不要进食。
一般情况下，在消化科，功能性消化障碍是一种很普遍的病症，约有50%左右的患者会出现在医院。患者会出现各种症状，有人会出现腹部肿胀，也有人会出现打嗝、嗳气等症状，也有人会出现上腹部疼痛等症状。有些病人，会感觉到肚子里的不适，却又说不上来。功能性的消化障碍一般都是以上腹部胀满、饱胀感、早饱感为主，也就是说，只要稍微进食一下，肚子就会被撑的感觉。还有嗳气，也会有恶心、呕吐等症状，这些都是因为各种原因引起的，建议患者及时去医院就诊，查明病因后对症治疗。
一般情况下，功能性消化不良指的是出现上腹痛、腹胀、嗳气、食欲不振、早饱、恶心、呕吐等症状。如果患有功能性消化不良，患者可以口服复方消化酶、乳酶生、复方阿嗪米特、保和丸、枳术丸等辅助消化的药物进行治疗，有较好的治疗效果，建议患者在医生的指导下使用药物进行治疗，以免对身体造成不良影响。患者平时还应注意饮食习惯，避免吃过于辛辣生冷的食物，因保持清淡饮食。
胃消化不良吃保和丸、吗丁啉、疏肝健脾丸、健胃消食片都有不错的效果。
首先出现消化不良与胃积食有直接关，这些人可以使用保和丸进行改善，保和丸主要的作用就是消食和胃，尤其是对于经常吃过油腻食物引起的积食，有不错的治疗效果。治疗期间患者要清淡饮食，不要吃不易消化、刺激性的食物，比如啤酒、咖啡等，养成良好的生活习惯，有利于病情的恢复。
没有“消化不良吃什么药最好”的说法。患者需在医生的指导下使用药物进行治疗。
1、轻度消化不良可以多吃一些易消化、富含纤维素的食物，比如蔬菜、水果等；
2、如果不能通过调整膳食来缓解，可以到消化内科进行胃动力药物、促消化药物的调理。40多岁或长期服用抗消化性溃疡、慢性糜烂性胃炎、消化道息肉、消化道肿瘤等消化不良的病人，应做胃镜。
患者还需要根据实际情况进行相应处理。