常见的原因是胚胎基因缺失所造成的，某些严重的内科疾病，比如严重的贫血，肾功能衰竭都会导致出现空囊的情况，还有突然的高温，或者是低温寒冷刺激，或者是噪音，环境污染，或者是由于内分泌失调都会导致孕妇出现空囊的情况。
怀孕早期五十天左右，应当出现胎心胎芽，如果到50天还没有胎心胎芽，并且也没有卵黄囊，考虑这是空孕囊，往往是孕囊发育有缺陷的缘故。避免环境过于高温，低温寒冷刺激，或者是噪音，远离环境污染。
这两种都是病理妊娠，都应该及早清宫，胚胎停育可能与孕母的健康及胚胎自身的问题有关。空孕囊就是只能看到孕囊，并没有看到胎儿发育的情况，在超声检查上基本上就可以进行一定的判断，可以确定一下是否是此类的情况，那么胎儿停育，那么就是胚胎本身存在，而且经过了一段时间发育，但是因为某种原因停止了。
怀孕后如果是空囊，就是胚胎停育了，胚胎停育后有可能当时就会流掉，也可能不能自行流出，需要做人工流产手术。空孕囊是胚胎停育，不会长大的，如果检查孕囊发育不好，胚胎停育，需要抓紧时间上医院做人流手术，胚胎停育后容易引起出血等症状。
空孕囊是说明胚胎发育的不好，造成这样原因有很多，比如精子的质量不好，染色体的异常，胎盘的内分泌功能不足，环境的因素有宫寒的情况，都会影响胚胎的发育，有时候受精卵着床晚也会出现空孕囊的现象。