巧克力囊肿是一种子宫内膜异位症，被称为巧克力囊肿，因为里面含有长期淤积的血液积成棕色像糊状和巧克力一样，子宫内膜异位症的发病机制仍不确定，可能和女性伤患之前不正常的妊娠行为，如流产，异位妊娠等导致。也可能是精血倒流等因素导致的。
卵巢巧克力囊肿通常就是由于，子宫内膜异位到卵巢上生长而形成，常见于多次的输卵管通液手术或者是人流手术等原因导致引起，或者是在月经期同房以后导致月经血逆流，而导致引起的子宫内膜异位到卵巢的表现，当卵巢巧克力囊肿小于五公分以下，而且没有引起明显的痛经，这时候就可以不用进行特殊的处理治疗。
卵巢巧克力囊肿主要的发病因素是因为有子宫内膜异位症。有子宫内膜异位症是导致不孕的主要因素，所以如果有还是建议进行治疗的。需要使用药物控制。也可以做卵巢囊肿切除手术以后尽早怀孕是主要的治疗方法。
巧克力囊肿是一种子宫内膜异位症，因为里面含有长期淤积的血液积成棕色像糊状和巧克力一样，子宫内膜异位症的发病机制仍不确定，可能和女性之前不正常的妊娠行为，比如，流产，宫外孕等导致。也可能是精血倒流等因素导致的。巧克力囊肿可能导致月经不调，严重可能在一定程度上影响痛经和不孕，因此，需要及时到正规医院接受对症处理。
有分娩、多次流产、生理原因、输卵管梗阻、内分泌因素、子宫内膜异常、频繁性生活等身体异常发现。巧克力囊肿可能导致月经不调，严重可能在一定程度上影响痛经和不孕。
巧克力囊肿也有不注意性生活的原因，尤其是在月经期间很容易引起月经返流，从输卵管进入卵巢生长，尤其是较多的血容量女性更容易出现月经返流。免疫系统功能恶化:如果女性卵巢功能退化，会出现局部免疫缺陷，在月经期间刚好逆流进入卵巢子宫内膜碎片无法正常清除，最终在卵巢生长并引起巧克力囊肿。