是有可能会的，如果巧克力囊肿比较大，有可能会引起腰疼。巧克力囊肿病人的症状表现主要有小腹坠胀感、排尿困难、腰酸腰疼、白带增多、月经紊乱等。由于囊肿的存在，很多人都会有腰骶部酸痛的症状。并且还会有小腹坠胀感。
巧克力囊肿是会引起小腹疼痛的。一般巧克力囊肿在月经期的时候会出现下腹疼痛的，月经过后疼痛消失。并且如果是在非月经期，当囊肿发生了扭转或者是破裂，那么也会出现小腹疼痛的现象发生。巧克力囊肿的形成，主要是由于子宫内膜异位到卵巢处，并且由于里面的液体呈咖啡色的，所以又称为巧克力囊肿，这种囊肿一般是双侧的较多。
巧克力囊肿是由内分泌因素引起，这是常见的病因。卵巢虽小，却是产生卵子并排卵、内分泌激素、平衡内分泌的重要，囊肿多发生于内分泌旺盛的生育年龄，所以认为与内分泌失调有关。也可能因长期久坐造成，由于长期久坐或姿势不佳，月经前及月经期常有剧烈疼痛，导致经血逆流入输卵管、卵巢，引起下腹痛、腰痛，尤其有厉害的经痛，此即所谓巧克力囊肿。
理论上巧克力囊肿是不会癌变的。但是长期的巧克力囊肿，比如有10年、15年、20年的人，会发现巨大的巧克力囊肿一直保留在体内，没有做手术的时候往往会有癌变的可能，但癌变率极低，不超过5%。
女性有巧克力囊肿最典型的症状就是痛经。观察一下囊肿的大小来决定治疗方案。如果巧克力囊肿比较大，并且位置并不是很好，那么还是尽早的手术治疗比较好一些。可发生剧烈腹痛、甚至休克，并伴恶心、呕吐。只要确诊，即立即手术切除。
月经不调：卵巢巧克力囊肿者通常会出现月经量过多的症状，这是相当常见的症状，又不少会出现经血较多且带劲的时间比较长的情况；痛经：痛经是巧克力囊肿的主要症状，一般是继发性的症状但会逐年加重，但是临床上也有少数并没有很明显的痛经症状。痛经多是从月经前就开始甚至是在周期的后半期就开始了，要持续一个月经期到月经后的数日才会结束消失，一般疼痛的部位会出现在下腹部位，或者是偏于一侧；性生活痛。