小三阳在肝功能正常的情况下，一般不需要治疗。但是在乙肝病毒DNA高于2000，谷丙转氨酶超过正常值上限，或者转氨酶虽然正常，但有肝硬化的情况下。对于年龄超过30岁，病毒量很高，虽然没有肝硬化，但家族中有肝硬化和肝癌的，也可以考虑治疗。
小三阳一般是不能治好的。但是可以控制病情。患有小三阳病后，要求每年至少复查乙型肝炎、五种乙型肝炎病毒、脱氧核糖核酸和肝功能、肝胆彩色多普勒超声两次。如无异常，可进行定期复查。如果出现异常且病毒量增加，应及时进行抗病毒治疗。
如果对乙肝病毒两半的检查表明存在小乙肝病毒，肝功能正常，没有病毒复制，暂时不需要特殊治疗，定期复查就足够了。如果出现肝功能损伤、病毒复制、厌食、疲劳、面色发黄等症状，则需要积极的肝脏保护和抗病毒治疗。平时，建议吃清淡易消化的食物，多吃新鲜蔬菜和水果补充维生素，禁止辛辣刺激的油腻食物。注意休息，避免熬夜。平时一定要注意休息，不累，疲劳会加速疾病的发展，平时注意营养饮食，提高身体抵抗力，及时复查，防止疾病的进一步发展。
小三阳是乙肝病毒携带的一种类型，需要结合肝功状况，病毒数量多少，确定治疗方案，可以化验乙肝五项，病毒DNA定量，肝功，如果转氨酶升高，病毒数量多，需要使用抗乙肝病毒药物，否则可以不用药，但需要定期复查，多数人不能完全恢复。
母亲如果有乙肝病毒感染，生孩子前都会让注射乙肝免疫球蛋白阻断，避免乙肝病毒的感染胎儿。另外胎儿出生之后会注射乙肝疫苗和乙肝免疫球蛋白，可以阻断孩子感染乙肝病毒，孩子是不可能感染乙肝病毒的。