若排便极为困难，并有肛门疼痛，检查时食指不能顺利通过肛管直肠，应手术治疗，肛门狭窄可用切断部分外括约肌，并用手指充分扩张肛门，然后再行移植肛门周围皮肤，修补肛管的扩肛术。直肠狭窄可用挂线法治疗，通过胶线结扎来将粘膜缓慢断开，或用纵切横缝扩张术来扩大直肠内径。
可以通过手术治疗，肛门狭窄可用切断部分外括约肌，并用手指充分扩张肛门，然后再行移植肛门周围皮肤，修补肛管的扩肛术，直肠狭窄可用挂线法治疗，通过胶线结扎来将粘膜缓慢断开，或用纵切横缝扩张术来扩大直肠内径。
找出导致肛门狭窄的原因。如果是手术引起的，肛门狭窄，那么可以考虑再次手术，寻求令肛门增大的方法，这一过程是渐进的，要从小肛门括约肌开始，同时润滑肛门扩张器，进行治疗。在生活中要注意饮食情况。
肛门狭窄就是肛门和肛管直径变小，粪便通过困难，大便性状变细，排便时肛门疼痛，客观检查肛门不能顺利通过食指。现在可以手指戴指套，涂以液体石蜡，缓慢伸入病人肛门和肛管内，轻轻向肛管4周按压，每天l～2次，或用小、中、大号肛门镜和扩肛器进行扩肛，每周1～2次，以后间隔时间逐步延长，直至狭窄消散。
应观察排便，如新生患儿出现肠梗阻等症状，需采取急诊手术做预防的造口，扩肛：针对简单的先天性肛门直肠狭窄，可采取6-12个月的扩肛治疗；切开治疗；部分肛门成形术：如外围成形术、纵切横缝术等。
