骨盆直肠窝脓肿全身症状重，先寒战高热，周身倦怠，严重可有败血症的中毒症状。局部症状轻，仅有直肠下坠感，酸痛或不适的表现，亦可发生排尿困难。直肠后脓肿全身症状与骨盆直肠窝脓肿相似，但局部症状主要在尾骶腰部酸胀坠痛，向背部及两侧大腿放射，尾骨有压痛，不能端坐。直肠粘膜下脓肿有周身不适，倦怠，发热。
骨盆直肠窝脓肿全身症状重，先寒战高热，周身倦怠，严重可有败血症的中毒症状。局部症状轻，仅有直肠下坠感，酸痛或不适的表现，亦可发生排尿困难。直肠后脓肿全身症状与骨盆直肠窝脓肿相似，但局部症状主要在尾骶腰部酸胀坠痛，向背部及两侧大腿放射，尾骨有压痛，不能端坐。直肠粘膜下脓肿有周身不适，倦怠，发热。
常见的肛门周围皮肤下是有很多脓肿的，大多数都是因为肛腺被细菌感染后经外括约肌皮下部向外或直接向外扩散而成的，婴儿的肛门周围脓肿经常位于肛门周围皮肤下部，脓肿一般大小不是很大。
肛周脓肿症状在周围皮下脓肿最常见，多由肛腺感染经外括约肌皮下部向外或直接向外扩散而成，常位于肛门周围皮下部，一般不大，主要症状是肛周持续性剧痛，受压或咳嗽时加重，行走不便，坐卧不安，全身感染症状不显。
早期症状主要表现为肛周肿物隆起、色淡红、皮温高、伴疼痛、发热，这是感染化脓性疾病，有的脓肿可出现破溃、流脓。之后疼痛症状会减轻，破溃口会间断的分泌分泌物，肛周脓肿也会再起，反复发作。