如果患者存在脚气长期不治疗的情况，那么足部真菌很可能会感染到脚部趾甲破损处，发生甲下真菌感染，造成灰指甲。建议患者选用抗真菌药物进行治疗，能够达到较好的杀菌功效。
推荐患者可选用亮甲牌复方聚维酮碘搽剂这类外用搽剂治疗，既可避免口服抗真菌药物带来的肝肾负担，其阿司匹林分解后还有助于药液更好地渗透甲下，帮助药效成分的吸收。脚气引发的灰指甲患者平时需使用药膏或泡脚药物来改善脚气，同时在医生指导下长期用药治疗灰指甲，约两个月后通常可见症状改善。
脚气与灰指甲的治疗是不同的。脚气主要是外用抗真菌药，灰指甲的治疗需要口服抗真菌药，单纯外用抗真菌药物是不行的。口服抗真菌药物之前要查肝功能，肝功能正常才可以服用。
有灰指甲的人基本上都有脚气，很多人都是脚气多年之后慢慢的形成灰指甲，这也是灰指甲形成的一个重要原因之一，就是脚气没有得到很好的控制以及治疗，进而真菌蔓延到指甲上，时间久了就会造成灰指甲的出现。引起的原因就是足局部受外伤，致使真菌定植而造成真菌感染，导致灰指甲的出现。还有一个原因就是直接形成的脚气灰指甲，可能为鞋袜比较潮湿，或者自身体质的原因。
脚气是由于真菌感染所引起的，如果不积极治疗，有可能引起灰指甲的，建议尽快采取药物治疗，要多注意脚的干净和卫生，勤换鞋，勤洗脚。不要跟别人混穿鞋子，或者共用洗脚盆等。
脚气和灰指甲都是由于真菌感染所引起的，所以两者是可以同时存在的，需要注意保持局部皮肤的清洁，可以做一个真菌涂片的检查，如果明确诊断以后，需要注意积极的使用抗真菌的药物治疗。