巧克力囊肿手术后还会痛经，在手术之后还会有痛经的症状，这主要是因为本身的痛经并不是因为卵巢肿大所导致的，或者说痛经除了巧克力囊肿之外还有别的诱发因素，所以会导致做完了巧克力囊肿手术之后依然会痛经。
卵巢囊肿的分类有功能性囊肿，出血性囊肿，浆液性上皮囊肿，黏液性上皮囊肿，巧克力囊肿，畸胎瘤，卵巢癌，子宫内膜样瘤等。注意调整自己的情绪，保持乐观开朗的心态，使机体免疫系统的功能正常。
按摩。按摩足三里穴。用一只手的掌心按准膝盖的顶部，中指下伸的顶端，向外一横指即是三里穴。可以用针灸，也可以用拇指反复按压。按摩指压点。足部含有一些指压点，被认为与骨盆部位的气路相连。在脚踝双边的凹陷处，皆有指压点。
巧克力囊肿又称为子宫内膜异位囊肿，是子宫内膜异位症的一种病变，是指卵巢囊肿内含陈旧性积血，呈褐色，黏稠如糊状，似巧克力。多数病患无明显临床症状，往往是体检时无意发现而就诊。少数病患表现为痛经、月经不调、患侧疼痛、不孕等。一旦明确诊断，对囊肿进行切除。
卵巢巧克力囊肿危害还是非常大的：1、导致水肿，影响生活：卵巢囊肿者除了能感觉到食欲不良、体重减轻和腹部肿胀之外，还可能引起呕吐、发烧和腹部剧痛；后期甚至会导致腹部与四肢发生水肿。2、引发流产、难产：早孕时引起流产，中期妊娠时易导致卵巢蒂扭转，晚期妊娠时囊肿较大者会造成胎位异常，引起难产。
可以根据先看囊肿大小，或许可以先开刀彻底切除囊肿，另外少吃补品类食物，避免囊肿增大。象是豆类，含有雌激素类的就要避免。也可在月经来潮期，多喝热红糖水。缓解痛经现象。