如果是刚刚涂完是不需要漱口的。因为该药对口腔有消炎的作用，例如口腔溃疡或者冠周炎，牙龈炎，牙周炎等。用完后10-15分钟后可以进行漱口，但是不能口服，不过吞下去对人体也没有伤害，可以大量喝水，使浓度降低就可以了。
碘甘油为消毒防腐剂，其作用机制是使菌体蛋白质变性、死亡，对细菌、真菌、病毒均有杀灭作用，用于口腔黏膜溃疡、牙龈炎及冠周炎。碘甘油是外用的药物，不能内服的外用，用棉签蘸取少量本品涂于患处，一日2-4次就可以了，也可以用西瓜霜喷剂来治疗，效果也是很好的，西瓜霜喷剂是可以口服的。
口腔溃疡的发生主要与免疫力低下，维生素缺乏感染有关，溃疡具有自限性，一般7~10天可以自愈，提高免疫力可以有效的减少口腔溃疡的发生。反复发生的口腔溃疡，可以适当的用激素类药物进行治疗。
碘甘油主要用于治疗口腔粘膜溃疡、牙龈炎、冠周炎，属于一种外用药物。用棉签蘸取少量涂抹于患处，一日2-4次，效果还是比较好。此外，碘甘油还可以用于消毒、杀菌、防腐等，其作用机制是使菌体蛋白质变性、死亡，对细菌、真菌、病毒均有杀灭作用。
碘甘油副作用并不大。只是偶见过敏反应，在粘膜和皮肤的涂布部位会引起肿胀，发热，皮疹及其它症状，一旦有反应，立即停药。如果误服，用量过大及严重过敏者可引起全身反应，甚至死亡。密切观察就可以了。