卵巢囊肿是有可能影响怀孕的，卵巢囊肿是卵巢肿瘤的一种，卵巢是卵子发育、成熟、排出的场所，当卵巢受到破坏时是会造成不育的，如果同时伴有进行性加重的痛经及性交痛、盆腔有触痛性结节，则应考虑子宫内膜异位症（即巧克力囊肿），采取不同的治疗。
卵巢囊肿大多并不影响怀孕，但若为巧克力囊肿是子宫内膜异位症所致，可致不孕。引起不孕的原因有很多，男方有精子成活率低、输精管堵塞等会引起不孕，女方有妇科感染、不排卵、输卵管不通、抗精子抗体阳性等可能会引起不孕。
有可能是卵巢囊肿导致的不孕，是可以一起检查治疗的。可以进行B超监测排卵，查性激素水平，看卵巢囊肿能否怀孕，或者采取药物治疗或物理治疗的方法，尽量采用无损伤的治疗方法，以免影响怀孕。巧克力囊肿引起不孕的几率比较高，需要积极治疗。
卵巢是卵子发育、成熟、排出的场所，若卵巢遭受到破坏，使卵子发育、成熟及排出受损，就会导致不孕。卵巢囊肿属于卵巢肿瘤的一种，其引起不孕的机制与干扰排卵功能有关。某些含有内分泌功能的卵巢囊肿。
卵巢囊肿可能会引起月经失调和不孕。
由于受到卵巢激素分泌的影响，可能会引起卵巢囊肿，存在引发月经失调和不孕的可能性。比如，性索间质的卵巢肿瘤通常会分泌雄激素、雌激素等激素，可能引起卵巢囊肿，还可能导致女性体内的雄激素水平过高，进而对女性的生殖功能产生一定的负面作用，导致女性无法正常怀孕，也会影响月经的正常来潮。不过经过治疗后，这种情况通常会有所改善。因此，女性要注意积极接受治疗，以免影响身体健康。
卵巢囊肿是需要做彩超进行检查的。卵巢囊肿常分为生理性和病理性的，如果是生理性的，一般无需治疗，会自行消失。如果是病理性的并且卵巢囊肿比较小，那么可以考虑保守治疗的方式。