蓝光疗法具有低的不良反应，是比较安全的。蓝光疗法有：低烧、皮疹、腹泻、核黄素不足等不良反应。会造成不明显的水分流失，在照射时要多饮水。没有蓝光照射后，疹子就会消失。
腹泻是由于胆红素在肠道中的排出，从而促进了肠道的蠕动，从而导致了大便的频率升高。在进行蓝光治疗时，会损伤到体内的核黄素，需要给予一定的剂量。
新生儿患肺炎，现在肺炎治好了，不会留有什么后遗症的，也不会出现残疾、憨包的。肺炎就是细菌感染了呼吸道（肺部）。感染控制住后，就没事了，请放心。肺炎是可以治疗的，不会留下后遗症的。一般都是上呼吸道感染控制不好，下行到了肺部。
新生儿黄疸光疗最主要的副作用是对眼睛的伤害，还有对生殖系统的伤害。但是在进行操作的时候，会避免，会用黑布遮住婴儿的眼睛和婴儿的，这样就不会有副作用。
新生儿腹腔囊肿主要是由于胎儿在怀孕的时候受到了不良的影响而导致的。新生儿腹部囊肿通常不会出现症状，可以在产前检查或出生后进行身体检查。主要考虑的是肠系膜囊肿、梅克尔憩室、肠重复畸形等，以及某些恶性病变。通常需要做外科手术，根据病理检查判断是否为良性或恶性。如果能及早发现并及时进行手术，则其预后良好。
可出现发烧、腹泻和皮疹，但多不严重，可继续光疗，光疗可分解体内的核黄素，光疗超过24小时，可引起核黄素减少，进而加重溶血，所以宝宝在用光疗的时候要补充核黄素。如果直接胆红素升高，光疗可使皮肤呈现青铜色，即青铜症，可以自行消退。
蓝光治疗新生儿黄疸是有副作用的，主要是对皮肤的危害较大，容易引起发热、皮肤灼伤、皮肤脱水、钙缺乏和维生素B2的缺乏。所以在治疗的过程中一定注意保护皮肤，适量添加钙剂和维生素B2，多补充体液。