卵巢巧克力囊肿指标有子宫直肠陷窝，可触及大小不等的不规则的结节状突起，触痛明显，子宫骶骨韧带增厚压痛。异位卵巢时常可触及一侧或两侧盆腔内有固定的囊性肿块，伴或不伴压痛。
通常情况下，巧克力囊肿和子宫腺肌症可以通过药物、手术等来治疗。具体分析如下：
巧克力囊肿是子宫内膜异位到卵巢后，内膜增生形成的囊肿，囊肿内有血瘀如同巧克力糊状。巧克力囊肿可以口服雌激素治疗，减少内膜增生，缩小囊肿，还可以在宫腔内放置节育环，释放孕激素，抑制囊肿生长。还可以通过巧囊切开引流术，彻底清除病灶。
子宫腺肌症是子宫内膜生长到了子宫的肌层，一般应用芬必得等非甾体抗炎药来缓解痛经，然后进行腺肌症病灶切除术。
卵巢巧克力囊肿和腺肌症相比腺肌症更严重一些，腺肌症是子宫内膜异位到子宫肌层上形成的一种病症，属于内在性子宫内膜异位症，卵巢巧克力囊肿是子宫内膜异位症的一种病变，子宫内膜生长在子宫腔内，受体内女性激素的影响，每月脱落一次，形成月经。
巧克力囊肿良性和恶性只能通过病理确定，卵巢的良恶性肿瘤判断是比较复杂的，要结合B超，肿瘤标记物检查，血检查等判断，一般良性肿瘤边界是清楚的，质地是比较均匀的，恶性肿瘤可能会伴有腹水，边界不清楚，具体的要去医院咨询专业医生做相关检查判断的。
卵巢巧克力囊肿与子宫腺肌症有关，巧克力囊肿是由于子宫内膜异位到卵巢引起的，子宫肌瘤可能和内分泌有关.。主要是治疗方法有药物治疗和手术治疗两种，其治疗原则是，对有生育要求的年轻妇女一般采用药物治疗。
是需要做肿瘤标志物检查，也是需要手术治疗的。卵巢巧克力囊肿是子宫内膜异位症的表现，子宫内膜异位症会使盆腔微循环异常，卵巢功能异常导致排卵障碍和黄体形成不良，容易导致不孕。所以可以再治疗后再进行备孕。
