一般情况下，卵巢囊肿疼痛可能是以下原因导致的：
如果一个卵巢囊肿低于5cm，就不会出现任何的症状。如果卵巢囊肿疼痛，说明是由于卵巢囊肿长的太大。当发生囊肿蒂扭曲时，会引起卵巢囊肿肿疼痛。如果是卵巢囊肿疼痛，患者可以遵医嘱口服桂枝茯苓胶囊进行治疗。如果卵巢囊肿比较大，必要时，患者可以通过手术的方式进行治疗。
通常情况下，卵巢囊肿出现疼痛症状可能与囊肿大小和性质有关系。如果患者患有的囊肿体积小，直径在3cm以内，通常是没有疼痛感的。但是如果囊肿持续增大，直径超过5cm，就有可能会出现疼痛感的。而且用手按压的时候，腹部可能会有压痛、反跳痛等症状。如果是生理性的黄体囊肿或者滤泡囊肿，一般会跟随月经来潮自行消失，没有疼痛感。而病理性的巧克力囊肿，可能会出现进行性加重的痛经。
卵巢囊肿是会痛的，卵巢囊肿多表现腹痛的症状。卵巢囊肿病人的下腹或背部隐隐作痛或感到肿胀。卵巢囊肿也可能挤压膀胱导致频尿或排尿困难。囊肿甚至有可能演变成并发症、感染、变得扭曲、出血或爆裂。
卵巢囊肿是不会引起腹痛的。但特殊的情况下，如卵巢囊肿蒂扭转会引起剧烈的腹痛。卵巢囊肿蒂扭转多发生于瘤蒂较长的，活动度良好的肿物。突然改变体位时容易发生蒂扭转，一旦确诊后要尽快手术治疗。
如果确诊有卵巢囊肿，平时是有可能会下腹部疼痛的。如果囊肿比较大，必须手术治疗，如果囊肿比较小，B超排除是否排卵引起的黄体囊肿。月经干净后B超检查，如果黄体囊肿，一般月经干净以后，会自动消失。