一般来说，打乙脑疫苗后发烧39度的原因如下：
疫苗的副作用可能会导致患者出现打乙脑疫苗后发烧39度的情况。正常情况下，发烧症状的时间不会持续太久，基本会在3天内缓解。口服布洛芬混悬液，多喝温水以及温水擦拭身体的物理降温方式都可以有效改善症状。
日常生活中，患者应注意多休息，避免过度劳累，保持心态平和，不要有太大的精神压力，还要注意个人饮食，多吃新鲜的蔬菜和水果，保证营养均衡，有利于身体恢复。
麻风疫苗和乙脑疫苗不宜一起接种，因为两种疫苗接种后都会存在一定的不良反应，如果同时接种，那么可能不良反应的症状会加重，由此会给身体健康带来危害，不但影响各自疫苗的实际效果，也会让儿童难以承受。
口服脊灰疫苗以后因为孩子免疫力低下会出现发烧的症状，有的孩子出现轻微的发热，也可以出现恶心、呕吐、腹泻以及皮疹等症状。不过只要症状不是特别严重，不需要做特殊处理，两三天后可以自行消退，多注意观察，让孩子多喝些水。
常注射疫苗几天后上述反应可自然消失，不会造成不可逆的伤害。临床常见不良反应包括以下方面：
1、注射小儿麻痹灭活疫苗：注射部位会有疼痛、红斑、硬结、一过性发烧等副作用，少数人在注射后会有淋巴结肿大、兴奋、嗜睡、抽搐等症状，3日后即可消失。还有一些患者会发生诸如皮肤红肿，乃至休克等的免疫应答；
2、口服小儿麻痹减毒活疫苗：大部分患者没有任何副作用，但在极少数的人群中会出现轻度发热、恶心、呕吐、腹泻、皮疹等。有少量的患者会出现严重的副作用，如发热、急性弛缓性瘫痪等，需要及时就诊。
一般情况下，打完脊灰疫苗后发烧，可以通过药物治疗、日常护理、物理治疗等方法进行治疗。具体分析如下：
1.药物治疗：打完脊灰疫苗后发烧，发烧达到或超过38.5度，家长患者可以在医生的指导下使用布洛芬混悬液、对乙酰氨基酚混悬滴剂、利巴韦林颗粒等药物给宝宝治疗。
2.物理治疗：打完脊灰疫苗后发烧，可以用冰块冷敷额头、温水擦浴、贴退热贴等，达到物理降温的效果，但要注意的是，退热的同时要观察孩子的精神状态。
3.日常护理：家长要让儿童多休息，注意保暖，空气注意流通；平时要让儿童多喝水，注意选择清淡、柔软、易消化的食物。
乙脑减毒活疫苗是降低了毒性的乙脑病毒，这种疫苗注射到人体后，人体免疫系统就会发挥作用，产生大量的抗体。在发挥作用的过程中，可能会导致人体体温出现异常。如果发烧在38度左右，这种情况属于低烧，可以采用物理降温的办法治疗，额头可以贴退热贴。