肾囊肿和肾结石两个疾病的治疗方式有一定的差别。肾结石可以吃一些药物来治疗，药物治疗效果不好的时候，也可以通过手术的方式来碎石，肾囊肿必须要通过手术的方式来治疗。
肾结石和肾囊肿是可以碎石的，但是也要根据肾结石以及肾囊肿的大小来决定的。肾结石大约一厘米的时候，如果没有肾积水通常是不需要处理的，肾囊肿原则上不超过5厘米是不需要治疗的。平时要增加钙的摄取量，减少草酸的摄入，不要吃菠菜、茶叶等含有草酸比较多的食物，减少钠的摄取，饮食要以清淡为主，在饮食方面一定要注意不要吃刺激性的食物。
针对肾结石，肾囊肿的病人，具体怎么办还是要根据具体结石的病情以及囊肿的病情来决定具体的治疗方法。
要给患者做彩超，CT及其他检查以明确肾结石具体情况和肾囊肿大小及其他病情。在这些方面都要根据患者实际的病情进行具体的分析，这样才能够制定出相应的方案。通常情况下，肾结石如体积较小，梗阻轻者可采用某些药物处理，许多患者都能以保守方式排出结石。如结石的体积较大，也许有必要用手术方法清除肾结石。在临床中通常会选择肾穿刺取石和经皮肾镜取石术这两种方式。肾囊肿通常都属于良性疾病，如体积小患者无症状，然后就能定期观察了，若囊肿超过四厘米，或认为囊肿可能恶变，则应积极手术。
通常，肾结石、肾囊肿，不会对怀孕造成影响，但怀孕后，如肾结石或囊肿伴感染或疼痛等，也许会影响妊娠。因此，若患者孕前检查查出肾结石或囊肿，仍建议患者做细致检查，若结石能够在孕前得到治疗则为最佳。
孕期如有肾结石落入输尿管内，导致肾绞痛或频繁重复的泌尿道感染，对于怀孕有一定的影响，有些人甚至可引起流产，连死胎也会发生。肾囊肿通常对于怀孕会有较低的影响，但亦有部分可并发感染，会导致发热，这类患者孕前还需有所防范，减少疾病对身体的危害。
肾结石和肾囊肿通常不一样，建议患者积极治疗，具体分析如下：
肾结石与肾囊肿是两种不同的疾病。肾结石主要是钙的代谢系统疾病或者是泌尿系统的先天异常，比如高尿酸血症、甲状旁腺疾病、爱出汗、肾输尿管发育不良等。肾囊肿属于肾实质的囊性病变，可能是单个或多个，有些是先天性的，有些是后天的，属于良性的。肾囊肿大超过5cm，或压迫输尿管或血管，导致高血压，应及时采取宫腔镜手术。
肾结石和肾囊肿是两种不同的病，是否会引起血尿需要根据病情的严重程度来判断。
两者的发展和肾中央的位置不同，肾结石位于肾盂内，而肾囊肿则在肾本质内，不在排泄体系内。肾结石一般会导致血尿，也可能是肉眼血尿，其具体的程度取决于患者的身体状态，例如混合性的炎性血尿。囊肿通常不会出现血尿，如果囊肿与肾盂肾盏相连，那么就会出现血尿，不过大部分时候都不会出现血尿。而另一种是先天性多囊肾，其内部存在着许多的囊肿，破裂进入肾盂和肾盏时会出现血尿。