治疗巧克力囊肿不一定要切除卵巢，需要根据病人的具体情况来定。巧克力囊肿是女性患有子宫内膜异位症的一种病变，巧克力囊肿的发生主要是由于女性在月经期间出现子宫壁脱落出子宫内膜碎片引起引流不畅，导致经血不能完全从阴道排出，有少量的经血经过输卵管向盆腔倒流，从而发生血瘀，种植在卵巢表面或盆腔其他部位，形成异位囊肿。
囊肿不大，可以暂时先观察，三个月以后复查就可以，盆腔积液分为生理性盆腔积液以及病理性盆腔积液，经期，排卵期盆腔积液会生理性增多，病理性盆腔积液一般与盆腔炎症有关。
卵巢巧克力囊肿早期症状表现有性变疼痛：这也是一个明显的信号，可能还伴有点状流血。不正常的经痛：痛经是子宫内膜异位最明显的症状，却是最容易忽略的先兆。没有采取避孕措施也不会怀孕。
盆腔包块不是巧克力囊肿，盆腔包块大多数是指起源于附件的包块，即输卵管和卵巢来源的包块。其中来源于卵巢更多见，盆腔包块有良性和恶性之分。巧克力囊肿又叫做卵巢子宫内膜异位囊肿，是子宫内膜异位症的一种病变。
巧克力囊肿是子宫内膜异位症的一种。这些异位的子宫内膜组织与正常子宫组织类似。巧克力囊肿变大，有时会引起痛经，有时会破裂引起剧痛。巧克力囊肿不会发展成癌，概率非常低。囊肿已经超过了5厘米，建议及时手术治疗。
巧克力囊肿一般是会影响怀孕的，但是有的人也能怀孕，如果夫妻双方其他检查都没有问题，仅发现存在卵巢巧克力囊肿，有可能就是影响怀孕的主要因素，就要考虑是否做手术将巧克力囊肿切除掉。