对于色素痣的治疗主要方法是手术切除，对于小面积的色素痣可以直接手术切除，但是对于一些面积较大或者位置特殊直接切除有困难或者切除后容易引起器官牵拉变形，可以选用分次切除来进行治疗。
体积比较小的色素痣，比如俗称的痦子，可以通过二氧化碳激光点痣治疗，疗效不错。有时会出现治疗一次不能完全清除的情况，导致复发，第二次连续治疗，基本都能够治疗好。如果体积比较大的色素痣，或凸出皮肤表面的色素痣，可以通过手术切除治疗。
如果黑色素比较浅，而且面积也比较小，可以是激光治疗的方法。如果面积大黑色素比较深的话那就奸你才用植皮的治疗技术项目要好很多。用激光治疗，副作用小，痛苦也少一些。
巩膜色素痣可以通过激光治疗、手术治疗等方式进行治疗。
1、激光治疗：巩膜色素痣一般不会对眼睛造成任何影响，可能与先天发育异常、黑色素沉积等原因有关，基本不会有明显的临床症状。如果影响到美观，患者可以在医生的指导下采取激光治疗的方式进行处理。激光的巨大能量可以将色素击碎、分解，进而有效实现祛痣的目的。
2、手术治疗：如果巩膜色素痣的面积较大或者不符合激光治疗的适应症，患者也可以在医生的指导下通过手术切除的方式进行治疗。
建议巩膜色素痣的患者及时就医，通过检查明确具体的情况后，结合自身实际，在医生的指导下选择合适的方式进行治疗。
可以采用激光治疗的方法。激光去除色素痣做法是首先用药物擦洗治疗部位，消毒，然后用激光作用于病变皮肤，传输的能量会在瞬间使组织里的水分气化，同时带走有色素的皮肤组织，而不伤及周围健康组织。但是如果面积较大的色素痣，而且颜色比较深，就需要采用植皮的治疗方法。
色素痣可以通过液氮冷冻的方式进行去除。
色素痣主要是人体皮肤基层内黑色素沉淀过多，导致堆积，出现黑色、深褐色的色素痣。液氮冷冻治疗主要是通过液氮的冷冻能力，将皮肤内层的黑色素细胞组织进行瓦解、破坏，使色素形成水疮，随着自身的代谢排出体外，从而达到去除色素痣的效果。
日常生活中出门需要做好防护措施，涂抹防晒霜、防晒喷雾，穿戴防晒衣、太阳镜等，也需要避免摄入色素过多的食物，例如：咖啡、酱油等食物，避免体内黑色素沉淀，加重色素痣。