乙肝小三阳抗病毒治疗主要目的是抑制病毒复制，减少传染性，改善肝功能，提高生活质量，减少或延缓肝硬化、肝衰竭、肝癌的发生，符合适应证者应尽量抗病毒治疗。其停药指征包括：肝功正常；病毒定量阴性；HBeAg出现血清学转换，出现HBeAb，这称为完全应答，抗病毒治疗病例中不超过30％。临床治疗时间目前倾向于长期用药，出现耐药后及时更换抗病毒药物。
乙肝治疗方法，目前没有特别有效方法。如果转氨酶低于正常上线2倍。不需要治疗。如果转氨酶高于正常上线2倍，病毒载量高，需要抗病毒治疗。注意生活调理，不饮酒熬夜，劳累生气，心情舒畅，适当运动，增强抵抗能力。
小三阳抗病毒治疗的停药标准是要求肝功能正常，表面抗原转阴、DNA转阴，达到这两个转阴之后再继续服药一年半以上，可以考虑停药。对于HBeAg阳性患者，出HBeAg血清学转换通常为大三阳转为小三阳并且HBVDNA检测不出，持续12个月以上，可以考虑停药;对于HBeAg阴性患者，如果HBsAg仍为阳性，何时停药尚不确定，在治疗至少持续2年以上，并且间隔6个月以上3次以上检查HBVDNA均为阴性。
肝抗病毒的抗病毒药物要吃是5年以上为妥，但是也不是一辈子。现在作用于乙肝病毒复制各个环节的新药物都在研发，不断取得突破。特别是丙肝治好后让更多资金进入乙肝治好的研发。
对于停药的标准，是能够确定患者在停药之后不会出现病毒再复制。最靠谱的是乙肝五项中的乙肝表面抗原变成阴性，而乙肝表面抗体变成阳性，但使用核苷类似物一般无法达到这样的效果，所以可以联合使用干扰素进行治疗，一部分人可能会达到这样的效果，但是这部分人数量很少。
抗病毒药不可以随意停用抗病毒药物比较特殊，随意停用，容易引起病毒反复，乙肝最主要的是了解有没有肝脏损伤，如果肝脏有损伤，病毒数量比较高，就需要积极的给予抗病毒治疗和保肝药物治疗，而不是看小三阳还是大三阳。