皮下囊肿可能会癌变，但概率极小。
如果皮下囊肿患者有囊性畸形，那么恶性的可能性较大，一般都是良性的。皮下囊肿切除后需要做好组织切片检查，主要是皮脂腺囊肿，皮样囊肿，皮样囊肿等。通常情况下，头部、面部、筋、躯干等都需要外科手术，如果不是感染或者囊肿，可以完全切除。局部皮肤要不要切掉，要看与周边的肌肤情况。当然，部分缺损的皮肤是可以避免再次出现的，这要看其体积，如果是比较大的，可以尽可能的保存周边的肌肤。
皮下囊肿可以不手术的保守治疗也可以。皮下囊肿分为腱鞘囊肿、皮脂腺囊肿、表皮样囊肿等，治疗方法不一样。腱鞘囊肿发生在四肢的腱鞘上，质地比较硬，开始包块比较小，约绿豆黄豆样大小，后来可以慢慢的增大。
药物治疗耳朵皮下囊肿。如果是皮下囊肿的话，不会疼痛的。如果是皮脂囊肿伴感染的话，会出现疼痛的。如果疼痛的话，先进行消炎治疗等炎症控制后，再考虑进行耳朵的皮脂囊肿切除手术治疗。
可能是患皮脂腺囊肿，如果目前将囊内容物全部挤出，只要不感染就不会有事的，保持好局部卫生，按时消毒预防感染，如果再次突出最好手术，不要再挤压，以免引起感染影响康复。
最好是要做手术的好，因为现在做手术，怕周围组织被脓液感染导致切口的不愈合或者延迟愈合等情况的发生，最好遵医嘱进行治疗。预防感染的风险的，观察伤口的情况，也不要吃刺激性的食物，这几天尽快卧床休息，减少不当的运动预防感染或者浮肿的情况。
通常情况下，皮下囊肿不会自行消退。
皮下囊肿是生长在皮肤部位的一种良性肿瘤，是否会消除要根据皮下囊肿的类型与囊肿的大小。如果皮下囊肿较小，可能在受到外力的刺激会自行溃败，随时间推移，囊肿会逐渐消退消失。但这种可能性比较小，大多数情况都不会自行消退的，如果是较大的皮下囊肿，一般都要经过手术治疗才能消退。因此，皮下囊肿能否自行消退，与囊肿的类型与大小有关。