肺孢子菌肺炎治疗首选方法是药物治疗。比较常见的药物可以选择复方磺胺甲恶唑，要选择早发现早治疗的方式，让身体快速的恢复，通过早期的判断能够查看出病情的轻重程度是比较重要的。如果病情持续的发展导致越来越严重，通常是没有太好的特效药物改善。患者出现肺孢子菌肺炎，通常是肺孢子菌导致了间质性细胞炎症，这些情况是很少见的。
糠皮孢子菌毛囊炎，是由糠皮孢子菌引起的毛囊炎症，糠皮孢子菌属于真菌的一种。糠皮孢子菌毛囊炎的诊断主要是和细菌性毛囊炎进行鉴别，细菌性毛囊炎炎症比较明显，对于抗生素治疗有效果，而糠皮孢子菌毛囊炎的炎症较轻，对于一般的抗菌治疗无效。临床上可以取毛囊炎内容物涂片检查，发现孢子即可诊断。
可以短期内适当的使用糖皮质激素，应该适当的卧床休息，维持正常的生命体征，保证稳定正常的水电解质、酸碱平衡。在出现缺氧状态时可以适当的吸氧，保证孩子呼吸道的畅通。
糠秕孢子菌毛囊炎是由糠秕马拉色菌引起，该菌是人体皮肤的正常菌群，也不要用过热的水继续烫洗，不要食用辛辣刺激海鲜类食物，从饮食进行改善多吃养颜的蔬菜和水果等，改善质量。
糠秕孢子菌性毛囊炎和痤疮都属于毛囊炎症，区别在于糠秕孢子菌性毛囊炎属真菌感染，而痤疮属细菌感染.痤疮多表现为粉刺、丘疹、脓疱与囊肿，而糠秕孢子菌性毛囊炎多表现为散塞的毛囊性红色小丘疹和脓疱。