月经紊乱一般卵巢，甚至双侧卵巢囊肿，由于并不破坏所有的正常卵巢组织，故多半不引起月经紊乱；下腹不适感为病人未触及下腹肿块前的最初症状。由于肿瘤本身的重量以及受肠蠕动及体位变动的影响，使肿瘤在盆腔内移动牵扯其蒂及骨盆漏斗韧带，以致病人有下腹或骼窝部充胀、下坠感；腹围增粗、腹内肿物是卵巢囊肿中最常有的现象。病人觉察自己的衣服或腰带显得紧小，方才注意到腹部增大。
纳氏腺囊肿又称宫颈腺体囊肿，是慢性宫颈炎的一种表现，宫颈糜烂愈合过程中，新生的鳞状上皮覆盖宫颈腺口或伸入腺管，将腺管口堵塞，腺管周围的结缔组织增生或瘢痕形成压迫腺管，使腺管变窄甚至阻塞，腺体分泌物引流受阻，滞留形成的囊肿叫宫颈潴留囊肿，其包含的黏液常清澈透明，但可能由于合并感染造成混浊脓性，囊肿小而分散，可突出于子宫颈表面，小的仅有小米粒大，大的可达玉米粒大，呈青白色，可伴有糜烂。
通常对于囊肿的治疗来说，首先要彻底分清区分囊肿是属于良性还是恶性的。如果囊肿是良性的，没有必要担心了，可以通过口服一些中药进行保守治疗慢慢调养。但如果囊肿是恶性的话建议要尽早采用手术的治疗方式进行治疗，如果手术治疗方式效果不佳的话，还可以再生全身化疗的方式，这些方法就可以彻底治疗囊肿。如肾脏囊肿，若是4cm以上的肾脏囊肿，可以通过腹腔镜手术就可以治疗；4cm以下的肾脏囊肿，也可以通过B超定位下穿刺进行治疗。
脑囊肿属于良性病变，这个一般是没有什么临床症状的。也不会对人的生命造成任何影响，蛛网膜囊肿主要是包裹性的脑脊液，较大的囊肿可能会因有一定的占位效应，引起头疼，头晕等情况，如果症状明显，严重影响生活，可以考虑手术治疗，手术主要是囊肿切除，或者是囊肿破坏，都会有不错的效果，脑囊肿是不会有生命危险的。
囊肿不会癌变，但有些癌在病变过程中会长成囊肿。囊肿的囊壁是一层膜状结构，其内皮有分泌功能，能分泌浆液，如腱鞘囊肿、肾囊肿等，这些囊肿是良性病变，不会癌变。而在一些癌性病变，当肿块中间发生缺血坏死，坏死组织液化并被包裹，形成囊性结构，或一些恶性病变中具有一定的分泌功能的癌细胞逐步增长，形成囊性结节，就是癌性囊肿，如粘液囊腺癌。