这种疾病的治疗宜尽早控制感染，祛除诱发肾盂肾炎的不良因素和对症处理。同时肾盂肾炎要卧床休息和高热量、高维生素饮食有助于机体恢复，重要的是给予足够的水分冲洗尿路，鼓励多饮水以保持足够的尿量。
肾盂肾炎可分为急性肾盂肾炎和慢性肾盂肾炎。急性肾盂肾炎的治疗主要控制感染，慢性肾盂肾炎多数无明显临床症状，可定期监测尿常规及尿培养，药敏进行抗感染治疗。
急性肾盂肾炎能治疗好，肾盂黏膜及肾实质的急性感染性疾病。常见寒战、发热、恶心、呕吐、尿痛、尿频等，积极对症处理治疗，按时复查治疗。注意休息避免劳累，饮食清淡加强营养，增加抵抗力，及时给予消炎对症处理，按时复查，在医师指导下选择较好治疗方案，避免错过治疗。
支原体感染治疗需要21天的时间。支气管炎是由支原体感染引起，如果出现严重的症状，可以通过抗感染药物进行抗感染治疗，一般情况下可以在5天内治愈。支原体肺炎是由支原体感染引起的，一般可以在10天内进行抗感染。如果是一些严重的病人，或者是有一些基础疾病的老人，可以在两个星期内进行抗感染治疗。当患者出现咳嗽加重时我们考虑出现了急性感染。
慢性肾盂肾炎的治疗:一般治疗，注意个人卫生，摄入充足水分，定期排空膀胱，睡前排尿，可行二次排尿法。寻找复杂因素并去除，如手术解除梗阻或纠正反流等。应用抗生素治疗的原则：仅治疗有症状的细菌尿、用药之前行细菌培养并根据药敏结果选用抗生素、忌盲目使用抗生素而不注意去除复杂因素。
慢性肾盂肾炎的治疗分为普通治疗和抗感染治疗两部分，普通治疗包括多饮水，勤排尿；若伴有发烧，应对症降温处理，并卧床休息；若有结石或者畸形存在，可以进行外科治疗。抗感染治疗，针对培养细菌，进行相应抗感染治疗。治疗以后也需要每月复查1-2次，若有复发情况发生，则继续进行治疗，直到尿细菌培养为阴性为止。