临床上，根据患者甲状腺多发性囊肿的体积、大小，根据囊肿的具体性质和患者是否伴有明显临床症状等因素，往往采取不同的处理方法：
一.甲状腺多发囊肿体积相对较小时，囊肿没有压迫局部神经血管或重要脏器。彩超提示囊肿边界清晰，回声均匀，无明显恶性肿瘤征象。可定期行甲状腺彩超检查，仔细观察囊肿变化情况，建议患者暂时无需特殊处理。
二、甲状腺多发囊肿体积大，压迫至患者喉返神经、气管、食管，患者出现一定程度的声嘶、呼吸困难，彩色多普勒检查提示囊肿有纵横比大于1且明显血流信号等恶性肿瘤征象。此时多发性囊肿病情较严重，建议患者及时治疗手术。
可能存在多囊肾，这个有些是先天性的疾病，是否需要治疗还是看囊肿的进展情况，如果只是一点点大并没有进展，这个是不需要治疗的。建议还是密切观察症状的变化，定期到医院复查肾脏B超，肾功能都正常的，也没什么不舒服，就可以不用。
肝内多发囊肿并不算一种很严重的疾病，因为肝内多发囊肿，它是肝脏的一种良性病变，还会合并其他脏器的囊肿，比如常见的多囊肾，这种囊肿一般都是先天存在的，大多数是多个状态存在，囊肿的边界比较清晰，而且内储存的囊液不宜被发现。往往是在进行体检的时候，经过B超才发现的。
肾囊肿不能靠吃药治好的，只能靠手术。患者不用担心，手术是可以治好的。双肾囊肿是一个简单的肾囊肿，只要囊肿不超过三厘米，就不需要治疗，但如果超过三厘米，就需要手术以获得更好的疗效。平时注意休息，低盐饮食以清淡食物为主，营养均衡。
肾囊肿包括单纯性肾囊肿和肾多发囊肿，还有就是多囊肾。单纯性囊肿和肾脏多发小囊肿，多不严重，首先肯定的是多发小囊肿为良性病变。如果囊肿增大明显，超过5CM，可以行手术治疗，目前临床上可以行后腹腔镜肾囊肿去顶术，手术效果好，恢复快。如果是双肾多囊肾，随着年龄增大，最终导致慢性肾功能衰竭，预后较差。
甲状腺双侧叶滤泡囊肿的去除方法，手术治疗，出现疼痛，气管受压，吞咽困难，可以在局部麻醉下进行手术操作。对于比较小的囊肿可以进行穿刺抽吸，以及在囊内注射硬化剂治疗，促进黏连。
