这种先天性的疾病，需要及早的进行手术治疗，并且需要去三甲医院进行治疗的，通过手术的治疗之后，建立直肠通道，恢复其排便的功能，以保证正常发育的需求。平时要注意饮食清淡。
手术一般要分三次做，首先需先造瘘，使患儿粪便能排出来，这种手术相对简单，然后再根据患儿体质情况，发育情况，再择期手术做肛门手术等孩子一周岁以后再做第三次手术。
手术后，有必要检查孩子的食欲是否有所改变。这些天不要感冒，或者注意调节孩子的饮食。它是由先天性发育差异引起的。然而，手术后进行监管通常更安全。多注意观察一段时间，然后去医院复查。不要吃生冷食物，加强营养。
肛门闭锁主要是由于原始肛发育异常，未形成肛管，导致直肠与外界不通。新生儿先天性肛门闭锁是一种先天性疾病。可以通过手术的方法进行治疗的，尽快带着宝宝去医院检查，根据检查结果，在外科大夫的指导下，采取手术治疗的办法。
肛门闭锁是因原肛发育异常、未向内凹入形成肛管，因而直肠与外界不通，又称低位肛门直肠闭锁。可采用肛膜切开术：于会阴肛区凹陷处取前后纵切口十字切口切开肛膜，使肛门内外相通。然后扩肛至能放入示指即可。术后早期即需开始扩肛，直到排便正常为止。