两者可以联合使用，但是不要同时吃，一起吃的话会有影响小檗碱效果。因为药物之间可能有相互的作用，服用两种以及两种以上的药物时候，最好可以间隔一个小时吃药的。
细菌性痢疾的病人是不能吃鞣酸蛋白酵母散的，因为鞣酸蛋白酵母散主要成分是滑石粉、二氧化硅，主要针对各种消化不良造成的腹泻达到止泻的效果，如果细菌性痢疾的病人服用了这种药物造成大便无法排泄，过多的毒素积聚在肠道里面会加重病情，不利于病情的恢复。
盐酸小檗碱的降血糖作用尚不确定。
盐酸小檗碱可以通过改善胰岛素分泌来改善胰岛素抵抗，对胃肠菌群也有一定的调节作用。实验表明小檗碱对糖代谢紊乱有益，但没有直接的临床证据证明其降糖效果和安全性。目前官方批准的降糖药物包括七大类，分别是双胍类、葡萄糖苷酶抑制剂、胰岛素增敏剂、促分泌素，以及新型DPP-4抑制剂和SGLT-2抑制剂。这些都是口服药物，包括注射类降糖药，而盐酸小檗碱不在常规降糖药之列。目前，科学家正在研究盐酸小檗碱的临床证据和科研证据，这可能是未来一种新的降血糖药物。目前不推荐用盐酸小檗碱降血糖。
通常情况下，小儿鞣酸小檗碱片可能有以下副作用：
在服用小儿鞣酸小檗碱片后，患者可能会产生非常严重的副作用。可能会出现发热、红肿、起泡、脱皮、皮肤瘙痒、皮疹、呼吸、吞咽困难；舌头肿大、喉咙肿胀等副作用，偶见恶心、呕吐等症状，停药后即可自行消退。建议应咨询医生，可能许多人没有副作用，或只有轻微的副作用。一般可以多饮热水，促进排泄。
小檗碱可以降血糖和降血压，因为可以促进胰岛细胞的修复和再生，抑制糖分的分解。可以有效地增强心脏的收缩，提高血液中的含氧量。小檗碱具有抗菌作用，适用于细菌感染引发的肠道疾病。
盐酸小檗碱可能能降三高，建议遵医嘱使用此药，具体分析如下：
三高可以通过口服盐酸小雷碱来改善。此药可有效地改善高血脂、高血糖、高血压。黄连素是盐酸小檗碱的主要成分，主要用于治疗胃炎、胃溃疡、肠炎、腹泻等。黄连素在三高防治中具有较好的临床应用价值。口服盐酸小壁碱后，甘油三酯、胆固醇含量降低，并具有轻微的血压降低效果，还可以降低血糖和尿糖。另外还可以防止三高的并发症。
