肾及输尿管结石的治疗要根据结石大小、部位、数目、形状、一侧或两侧，有无尿流梗阻、伴发感染、肾功能受损程度、全身情况以及治疗条件等进行具体分析，全面考虑。但当绞痛发作时，首先应该使症状缓解，而后再选择治疗方案。非手术治疗方法有大量饮水，中草药治疗，针刺，经常作跳跃活动。或者体外冲击波碎石。结石引起尿流梗阻已影响肾功能、或经非手术疗法无效，无体外冲击波碎石条件者，应考虑手术治疗。
尿结石很痛可以采取体外冲击波碎石手术进行治疗。如果碎石失败，可以输尿管插管或者输尿管镜碎石清石治疗。手术后输尿管留置支架管一个月。碎石治疗如果失败通常都是结石时间太久了已经形成结石包裹所以只能手术碎石了。
尿路结石是会导致其肾积水的同时出现腰部疼痛及不适确诊以后要进行对症的抗炎及体外碎石或者是微创手术的治疗就可以的，尿道结石的原因主要有喝水少，经常憋尿，多喝多尿有助于细菌、致癌物质和易结石物质快速排出体外，减轻肾脏和膀胱受害的机会。反之，容易形成结石。
尿结石导致的疼痛有绞痛和钝痛，是间歇性的。可以沿同侧输尿管方向，放射至下腹部，会阴部，外生殖器，大腿内侧这些地方疼痛，也有可能放射至腰部。还可能会伴有恶心呕吐，但是吐后疼痛感也不能完全缓解；合并感染的时候，会出现寒战高热的现象，可以查泌尿系平片，有助于明确诊断。
尿道疼痛常见于尿道炎症，临床上引起尿道炎的因素常见的有淋球菌性尿道炎和非淋球菌性尿道炎。患者首先需要去泌尿外科就诊，行尿常规、尿道分泌物涂片、尿道分泌物培养和血液抗体检测明确诊断。对于淋球菌性尿道炎可以用药物头孢曲松、头孢克肟、左氧氟沙星治疗。