疱疹性咽峡炎后期会咳嗽，咳嗽是人体清除呼吸道内的分泌物或异物的保护性呼吸反射动作一般由感冒引起。得了疱疹性咽峡炎不会有咳嗽反应。虽然感冒与疱疹性咽峡炎均属于急性上呼吸道感染但疱疹性咽峡炎的病灶主要在于咽、软腭、悬雍垂(口腔中软腭后缘正中悬垂的小圆锥体。
儿童疱疹性咽峡炎是一种常见的传染性发热性疾病，多见于儿童，好发于夏秋两季，主要由a组柯萨奇病毒和其它肠病毒所致，临床上可通过临床表现来确诊。最好的方法是用从损伤部位提取的病毒或者用特异性的抗体来确定，但是不建议这样做。常见的鉴别方法有：疱疹型、重复性口疮、柯萨奇型、时行型等，但口腔区有明显的白色或黄色的结节，需要对症治疗。
疱疹性的咽峡炎会出现咳嗽，但是此时的咳嗽往往是刺激性的干咳，不太严重，也不会太深。出现疱疹性咽峡炎的时候，咽喉部会有疱疹，所以会刺激咽喉部出现咳嗽。另外，咽喉部还会有充血和水肿，还会有少量的炎性渗出物，也会刺激咽喉部以及气管出现咳嗽。
疱疹性咽峡炎是可以口服奥司他韦治疗的，疱疹性咽峡炎是病毒感染，常见于儿童，会导致高热，咽喉部疼痛，肌肉酸痛的症状，会因为咽喉部剧痛而出现拒食，容易引起水电解质紊乱，多喝水多注意休息，清淡饮食，大约10天左右就可以好转。
可以使用抗病毒药物治疗，疱疹性咽峡炎是由于疱疹病毒感染引起的咽峡部炎症，是具有传染性的，所以首先要做好消毒隔离，避免到人多的公共场所。同时饮食上增强营养，多吃一些鸡蛋，鱼虾，瘦肉等富含蛋白的食物。
疱疹性咽峡炎患者可以吃鸡蛋，鸡蛋富含丰富的蛋白质，对病情的恢复有一定的好处。但最好是水煮或者是炖着食用，避免油煎，油煎的鸡蛋不仅营养成分大量丢失，对疱疹性咽峡炎的恢复也不利。