甲状腺功能减退的治疗方法是甲状腺激素替代治疗，但在开始治疗前，必须确定这种甲状腺功能减退是否是永久性疾病。亚急性甲状腺炎后甲状腺功能减退一般为短暂减退，无需立即开始治疗。
另外，对于药物性甲状腺功能下降，停药后甲状腺功能逆转，无需立即进行药物替代治疗。对于永久性甲状腺功能减退患者，治疗目标是将血清促甲状腺激素水平维持在正常参考值范围内。治疗药物选择左旋甲状腺素片，治疗起始剂量因人而异。
治疗主要是补充甲状腺激素，即左甲状腺素钠片，可以通过系统的治疗2-3年之后，可以考虑停药1个月，再来检测甲状腺功能，假如甲状腺功能正常，也可能是暂时性的先天性甲状腺功能减退，也可以停药可以定期监测。
甲状腺功能减退的治疗方法主要采用合成的甲状腺激素，即左甲状腺激素片替代治疗。
口服左甲状腺激素片可以恢复足够的激素水平，逆转甲状腺功能减退的症状和生命体征。左甲状腺激素片治疗可能终身，主要取决于甲状腺功能减退的原因。左甲状腺激素片的剂量需根据甲状腺功能复检结果进行调整，对于甲减患者，如果服用可能引起甲减或加重甲减的药物，需咨询医生，测定利弊后决定是否中止。另外，在碘不足的地区，为了纠正碘不足，需要给与足量的碘剂。左甲状腺激素片在适量使用时几乎没有副作用。
甲状腺功能低下可以使用药物性甲减治疗，常见甲减的原因是桥本甲状腺炎，碘131治疗或手术后出现的并发症，需要根据甲功结果给予药物治疗，每3-4周复查一次甲功，直至甲功恢复到正常，三个月到半年复查一次甲功。而对于继发性甲减，需要找到病因。
婴儿出现甲状腺功能低下的情况一般是由先天性甲状腺功能不全所引起的。
与此同时，如果女性在怀孕期间患有严重甲状腺激素不足的病症的话，也是会诱发所诞下的婴儿甲状腺功能低下症状的，当然也可能是由家族遗传性甲状腺功能低下引起。但是无论是哪个原因引起的，都需要立即对新生婴儿进行诊治。否则，将来甲状腺功能低下会影响婴儿的智力发育，也会影响婴儿骨骼的发育。
新生儿在分娩后48小时以上就需要行新生儿疾病筛查，主要包括甲状腺功能减退症，苯丙酮尿症等。如果检查确诊是甲状腺功能低下，需要结合药物治疗，具体用药遵医嘱。如为永久性甲状腺功能减低症予终身治疗。
