小儿先天性直肠肛门畸形疾病没有什么特效药物治疗，主要就是进行手术治疗。可以去当地公立医院儿科门诊，小儿先天性直肠肛门畸形疾病世一种先天性的发育畸形而导致的，容易出现在小儿身上。
先天性肛门直肠畸形是新生儿期最常见的消化道疾病，其病因和胚胎发育机制目前尚未完全明确。先天性肛门直肠畸形，从最轻症的膜状肛门到严重的泄殖腔畸形。前者仅需简单手术能达到良好的手术效果，后者手术操作难度大，费时，尽管能重建肛门，但术后仍存在排便、排尿及性功能障碍，部分新生儿因肠梗阻或伴发的疾病需要做紧急处理。
可能会导致排便不畅，甚至引发内脏出现压迫性疾病，及时将检查结果交给肛肠科的医生与肛肠科医生沟通，具体治疗方案配合医生进行治疗，日常生活当中饮食避免辛辣刺激的食物。尽量以流质食物营养丰富，有利于营养的补充。
先天性直肠肛门畸形就是患儿的直肠和肛门部位出现畸形了，例如先天性肛门闭锁就属于以上畸形的一种了。先天性直肠肛门发育畸形非常多见，并且类型众多，直肠盲端和瘘管的位置各异。其发病率在新生儿中为1∶1500～5000，占消化道畸形的首位。可以根据检查的结果看看是不是需要手术进行治疗。
小儿男性生殖器先天畸形主要是胚胎发育时一些原因导致睾丸分化不完全，出现萎缩变形，即无睾症。
部分可能有间质细胞，有男性外生殖器和男性外貌，单睾丸多数不用治疗，手术检查主要是找出腹腔可能存在的隐睾，防止癌变。还有多睾丸，有三个或更多睾丸，大小不一，睾丸发育不全，比正常的要小，非孤立性的症状或其他表现，睾丸因增生变大会有睾丸畸胎瘤，还有可能有先天萎缩，位置异常，如隐睾症、睾丸融合、异位睾丸。
横膈疝一般都是要进行手术的，据数据显示，在没有手术的情况下，一个月之内，有75%的原因会导致婴儿死亡。但是，产后两日之内做外科治疗，死亡率高达百分之五十到百分之七十五，产后两周做外科治疗，死亡率会大大下降。所以，手术时间的选取非常关键。一般是在分娩两个星期之后再进行一次，因为那样会大大减少孩子的死亡率，所以建议怀孕期间要多做一些彩色超声检查，如果是3D检查，确认之后再作选择。