治疗的目标为解剖症状和控制心律失常。当出现左心室偏心性肥厚、左心室功能受损时，应当注意心力衰竭的发生，此时应进行抗心力衰竭的治疗。梗阻性心肌病考虑手术治疗，作室间隔肌纵深切开术和肥厚心肌部分切除术以缓解症状。近年来试用双腔永久起搏器作右心室房室顺序起搏，以缓解梗阻型的症状。
心肌肥厚是可以痊愈的。
心肌肥厚可能是由于慢性高血压导致的左室和室壁肥大，或是由于肥胖导致的左室心肌不均匀性肥大等导致的。对于高血压性心肌病，采用ACEI或ARB等药物，可以有效地抑制血压，防止心脏扩张，从而可以治疗心肌肥厚。肥大性心肌病变可以采用酒精溶解或外科手术治疗，从而达到治疗心肌肥厚的目的。
导致心肌肥厚的原因有很多。需要进一步查找原因，才能进行相关治疗。高血压病就可以导致出现心肌肥厚，心肌病也可以导致出现心肌肥厚。心绞痛也可以导致出现心肌肥厚，需要进一步查找原因，规范治疗。
心肌肥厚可以治疗。心肌肥厚常见于长期高血压引起的左心室和室间隔肥厚，或者是肥厚型心肌病引起的左室心肌非对称性肥厚这两种情况。高血压引起的心肌肥厚，通过积极控制血压治疗，应用特殊的药物可以逆转肥厚的心肌，避免心腔扩大。
高血压导致的心肌肥厚，长期的高血压就会导致左心室肥厚，将血压控制在正常范围，再就是通过口服逆转心室重构的药物，来控制疾病的发展，如果是原发性心肌病，比如肥厚性梗阻性心肌病，需要做无水酒精消融，如果是非梗阻性心肌病，主要是通过药物来控制疾病的发展。
高血压心肌肥厚可以手术治疗。高血压引起心肌肥厚，是由于病人的血压高，导致心脏的负重过大，引起了心肌代偿性肥厚增大，所以治疗上需要积极的控制高血压，血压控制好了，心肌肥厚的情况也会缓解。心肌肥厚就是高血压的并发症，然后再通过手术的方式治疗，这样可以更好的去明确一下的。