对病因治疗，还是比较重要的，要查明栓子的来源，要进行及早的治疗，尤其是要针对栓塞的病因来进行治疗，这样就可以治愈。应卧床休息，保持呼吸道的通畅和心脏功能；注意营养状况，保持水和电解质的平衡；加强护理，防止肺炎、泌尿系感染和褥疮的发生。脑栓塞本身的治疗原则是要改善脑循环、防止再栓塞、消除脑水肿、保护脑功能。抗凝及溶栓治疗，抗凝治疗禁忌及非心源性栓塞者最好不要抗凝治疗，可采用抗血小板治疗。
不同病因引起的治疗方式也是有差异的，癫痫是中枢神经系统异常放电引起的，患者属于脑梗死后的继发性癫痫。对癫痫，主要以药物治疗为主，通过正规抗癫痫治疗，一般都能得到控制。
一般来说，引起心源性脑栓塞的原因较多，具体如下。
心源性脑栓塞时栓塞多发生在大脑中动脉，是指来自心脏的栓子阻塞脑中的动脉血管所致。心源性脑栓塞大多发生在有高血压、高血脂或心脏病史的病人之中。一般心房颤动是心源性脑栓塞的常见原因，由于心房颤动时左心房收缩性降低，血流速度减缓，可能导致附壁血栓、栓子等脱落，进而引起脑栓塞。心脏瓣膜病也可能会引起心源性脑栓塞，心脏瓣膜病可能会影响血流，导致附壁血栓的形成，进而引起心源性脑栓塞。心源性脑栓塞还可能是因为心肌梗死，心肌梗死也可能导致血液循环淤滞，促使附壁血栓形成，进而引起心源性脑栓塞。此外，心内膜纤维变性、二尖瓣脱垂、心房黏液瘤、先心病或瓣膜手术都可能引起心源性脑栓塞。
一般情况下，房颤患者心房收缩功能丧失，出现快速颤动的情况。这种快速的颤动，通常会导致心房内的血液流速变慢，使得左心房内的左心耳可能会形成血栓。一方面是因为左心耳是盲端组织，血流速度比较慢，另一方面是因为左心耳里面有很多梳状肌，这些都会增加血栓形成的几率。如果血栓脱落，这些栓子就会随着血液循环到达身体的各个部位。最常见的就是脑部，造成脑栓塞。
癫痫发作是由于脑神经元细胞受损异常放电所致，药物只能通过抑制大脑神经兴奋来控制癫痫发作，并不能修复受损神经元细胞，所以不可能杜绝癫痫发作，是治标不治本的，且药物毒副作用相当大。目前仪器治疗是治癫痫的手段，无需开刀，无需麻醉，无创伤，是在病人完全清醒的状态下治疗的。