卵巢囊肿手术是否切除卵巢，要根据囊肿的性质决定。如果是单纯的良性囊肿，肯不需切除卵巢，将囊肿从卵巢上剔除出去即可。如果是卵巢的恶性肿瘤，需要切除卵巢，还要切除子宫，大网膜淋巴结进行清扫。如果是粘液性的肿瘤，还要切除阑尾。还有一种卵巢囊肿叫交界性的卵巢囊肿，介于良性恶性之间。这类卵巢囊肿，如果病人有生育要求，并且囊肿只限于一侧，可根据情况，切除一侧卵巢囊肿，而保留对侧健康的卵巢。
卵巢囊肿是妇科常见病，卵巢囊肿是否需要进行手术切除，需要专业的医师进行判断，借助B超，CT，核磁等影像学检查、实验室检查结果判断肿瘤性质。卵巢单纯性囊肿，直径＜5公分，可观察2一3个月，如自行消失属于功能性囊肿，如持续存在，继续生长，则需手术治疗。
卵巢囊肿是不需要切除卵巢的。卵巢对于女性非常重要，如果完全切除一侧卵巢，虽然还有另一侧卵巢，但是如果是另一侧卵巢功能丧失或者出现囊肿，就给女性会带来很大的困惑，会出现更年期提前的症状。所以临床上对于卵巢囊肿的手术，只要单纯的将囊肿剥离下来，然后缝合剩余的卵巢组织就可以。
卵巢囊肿分为生理性和纯囊性，一般小于5cm的囊肿考虑为生理性的，每3个月复查B超就可以了，而且大部分会自行缩小或消失，但也可能在另一侧卵巢或同侧卵巢在长出来。卵巢囊肿大于五厘米，可以考虑手术，但并不是说到五厘米了，必须通过手术来治疗，也可以先吃药，而且有的人没有症状，观察就行，或者做一个标志物的检查，检查结果都是正常的，说明没有发生癌变，暂时就不用考虑手术。如果短时间内有明显的增大，再考虑手术就可以了。
卵巢囊肿治疗后有复发的可能，而且术后复发对病人的后果不好，因此做完手术的病人应该注意定期到医院检查身体。检查包括内诊、B超等，对于良性多房性乳头状粘液性囊腺瘤，如果手术彻底一般不易复发，此病临床上20%—30%于双侧发生，但治疗卵巢囊肿并无特效药。
一般说直径超过七个厘米才考虑手术切除囊肿。如果说能够做囊肿剥出手术，一般不建议切除卵巢。如果说囊肿已经非常大，已经看不到了正常的卵巢组织，那么也可以将这一次卵巢全部切掉因为女性有软两个卵巢切除一侧对女性的性功能并没有什么影响。