可以进行抗寄生虫治疗，可以选用阿苯达唑，剂量需根据体重调整。用药之前可查眼底和头核磁，观察是否有病灶，避免杀死虫体时引起身体的损伤。一旦出现巨大压迫后，需要进行外科手术，完整地摘除寄生虫囊包，同时抗寄生虫治疗。如果囊包出现继发性的细菌感染，还需要使用抗菌药物。
羊脑包虫病主要是由于与动物接触密切。皮毛上的毛虫卵随风飘扬，经过呼吸道感染。要保证良好的卫生及生活环境。经过正规的治疗，是可以治好。包虫病会和动物之间传染。人与人之间并不会传染。诊断方法经临床检查羊不断地向左侧作圆圈运动，圈很大，说明虫卵体不大，用手触摸左侧顶骨骨质变薄，皮肤稍隆起，能压感到骨质变软，可行手术治疗。包虫病会传染的，日常生活中应注意饭前便后要洗手，食物要煮熟煮透。
脑包虫病是指脑包虫寄生于脑组织内，或者是脑室内，而引起的一种脑部寄生虫感染性疾病，如果病变位于大脑半球，基底节区，放射冠区，可以出现偏瘫，偏盲偏身感觉障碍。左侧病变时，也可以出现言语功能障碍。
包虫病的治疗可以服用药物来进行治疗，也可以进行手术治疗，治疗期间一定要保持口腔清洁、湿润，也吃一些辛辣生冷刺激性的食物，可以饮食清淡一些，多吃一些水果，蔬菜补充维生素c。
肺包虫病是一种寄生虫感染所致的肺部囊肿，药物治疗的效果不佳，并且不能断根，是进行手术治疗。没有必要进行药物保守治疗，发现肺部包虫病之后往往是直接选择手术治疗，切除包囊，术后主要饮食清淡，多喝水多运动。