对于肛周脓肿，西医常用的是抗生素，可以通过口服或者静脉点滴来进行治疗。
对于肛周脓肿，可以在浅浅的地方涂抹，如果是在皮肤比较浅的地方，那么就可以进行手术。反之，局部脓肿不是消失，而是扩大，或者是软化，就是已经形成了脓液，可以通过切口排脓。对于小儿肛周脓肿，父母要立即送到正规的医疗机构进行正确的处理，以促进病情的好转。上述药品需要在医生的指导下服用。
儿童肛肠病需要到医院就诊，然后采取合适的治疗措施。
如果是轻微的症状，需要改善个人的饮食结构，要以清淡的食物为主，多吃一些新鲜的水果和蔬菜，保持大便通畅。如果出现了排便困难的情况，可以服用麻仁润肠丸来治疗，也可以使用开塞露治疗，能够起到软化大便的作用，有助于粪便的排出。
平时要多进行运动锻炼，能够有效的预防便秘的症状。
患有肛肠病可以手术治疗，术后注意保养，是不容易复的，每天用清水清洗肛门，温水坐浴，平时要多喝水，多吃点蔬菜水果，少吃油腻辛辣的食物，尽量保持大便通畅，防止便秘。
局部切开排脓术等到形成肛瘘后则需要进行二期手术，如果脓肿的位置较深，此时就需要考虑采用局部切开排脓的方法。肛门脓肿一次性治疗手术，不仅仅适用于脓肿位置较浅者，一般经验丰富的医生，已将肛门脓肿一次性治疗手术，应用于几乎所有的肛门脓肿的治疗。
肛周脓肿最主要的症状是疼痛，这种疼痛会非常剧烈，且逐渐加重，会吃不下，睡不着。脓肿自行溃破后，疼痛暂时有所缓解。发热，还会出现大小便不畅、食欲缺乏、失眠。方法只有手术，且越早越好。在无条件或身体条件不允许手术的情况下可以选择药物治疗。
需要及时去医院进行排脓以后才能进行局部碘伏消毒，然后再口服抗生素进行消炎治疗，内裤要宽松，纯棉透气，饮食方面清淡一些，避免各种刺激性的食物的摄入，不要经常坐着。