小儿先天性直肠肛门畸形疾病没有什么特效药物治疗，主要就是进行手术治疗。可以去当地公立医院儿科门诊，小儿先天性直肠肛门畸形疾病世一种先天性的发育畸形而导致的，容易出现在小儿身上。
可能会导致排便不畅，甚至引发内脏出现压迫性疾病，及时将检查结果交给肛肠科的医生与肛肠科医生沟通，具体治疗方案配合医生进行治疗，日常生活当中饮食避免辛辣刺激的食物。尽量以流质食物营养丰富，有利于营养的补充。
先天性直肠肛门畸形就是患儿的直肠和肛门部位出现畸形了，例如先天性肛门闭锁就属于以上畸形的一种了。先天性直肠肛门发育畸形非常多见，并且类型众多，直肠盲端和瘘管的位置各异。其发病率在新生儿中为1∶1500～5000，占消化道畸形的首位。可以根据检查的结果看看是不是需要手术进行治疗。
先天性肛门直肠畸形是新生儿期最常见的消化道疾病，其病因和胚胎发育机制目前尚未完全明确。先天性肛门直肠畸形，从最轻症的膜状肛门到严重的泄殖腔畸形。前者仅需简单手术能达到良好的手术效果，后者手术操作难度大，费时，尽管能重建肛门，但术后仍存在排便、排尿及性功能障碍，部分新生儿因肠梗阻或伴发的疾病需要做紧急处理。
有可能会引起不能够正常的排便或者排便困难。这种发育畸形，一般需要及时采取手术进行治疗的，术后注意休息，保持室内空气的清洁度，同时还应该选择可以促进组织粘膜修复的药物。
到正规医院进行检查治疗，根据医生建议采用合理的手术方式，手术后加强护理，避免泌尿感染等，术后保持充足的睡眠保护皮肤、免受损伤如选择纯植物纤维制成的衣物不要穿含有化纤的衣物选择稍微宽松一点的新买来的衣物也要洗干净再穿避免外伤、摩擦、压迫洗澡时不可用力搓擦避免长时间、强烈日光曝晒。