巧克力囊肿应该在中医指导下服用中药治疗。在用药以后需要去医院做B超复查，如果再恢复正常，不需要进一步治疗。如果用药效果不理想，也可以去医院做腹腔镜的微创手术治疗。
主要靠病史、症状和体征。常见的检查有：妇检、超声诊断、MRI、CT、腹腔镜及实验室检查。痛经的症状明显减轻，无阴道出血现象，无下体疼痛现象，这些都可以判断巧克力囊肿是否治好。
如果治疗好以后，就和正常人一样了。巧克力囊肿可在宫腔镜的窥视下看到子宫内膜样组织，由于这种囊肿内潴留的陈旧血瘀如巧克力糊状的颜色，故称为“巧克力囊肿”。虽然这种病初期只见有小型囊肿。
中医上没有明确记载巧克力囊肿，但是中医认为巧克力囊肿的形成多和病人的生活习惯，或自身脏腑功能失调有很大关系，根据中医辨证治疗的法则，以活血化瘀，软坚散结，疏通经络等为立足点，重点辨证虚实，寒热，畅阻，从内调节脏腑功能，可以标本兼治，治好巧囊，治疗后复发率低。
巧克力囊肿中医治疗方法：去当地正规的中医医院，用中成药止疼化颗粒，能够益气活血，散结止疼，可以治疗卵巢囊肿，还可以调经。效果很好，平时要注意休息，多喝热水。还要注意卫生。
具有生长功能的子宫内膜组织，包括腺体及间质出现在卵巢上，就称之为卵巢巧克力囊肿，通常是由于子宫过度后屈，子宫颈管狭窄，以及月经期间同房而导致经血逆流形成，会引起进行性的痛经以及不孕。西医治疗巧克力囊肿，通常采取手术进行直接切除，而中医则根据患者的具体来进行辨证论治，可以使用血府逐瘀汤和少腹逐瘀汤，以及四妙散来进行加减调理治疗。