不能和莲子一起吃的食物有牛奶，猪肚，蟹。牛奶和莲子都含有丰富的蛋白质，两者一起吃会导致大量的蛋白质和胃酸反应，从而产生凝结物，不容易消化而导致便秘。莲子和猪肚一起食用，容易导致食物中毒。莲子如果与蟹类同食，容易出现不良反应。
莲子和枸杞二者搭配食用，功效协同，能乌发明目、轻身延年。莲子和桂圆是传统的滋补佳品，二者搭配能增强养血、补脾、益胃的功效。莲子与银耳搭配，有助于胃肠蠕动，能减少脂肪吸收，对肥胖症有辅助食疗作用。
莲子本身含有丰富的营养物质，并且具有清热降火的作用，而其含有的降火成分主要存在于莲心中，所以吃莲子时最好吃带心的莲子。吃莲子时一般不需要忌口，最好不要和猪肚一起食用，莲子结合猪肚一同食用，容易中毒，所以要谨慎食用。
红莲子的一种加工产物，比白莲子多保留了种皮部分，从营养成分上看，红白莲子相差无几，都富含人体所需的蛋白质、碳水化合物及钙、磷、铁及多种维生素等营养元素，是老幼皆宜的食品。
孕期可以吃莲子：
孕妇是可以吃莲子的。莲子具有降火的功效，少量服用是孕妇很好的补品，特别是孕妇在孕期上火的时候食用;但是莲子属于阴性食物，一次不要吃太多。莲子含有丰富的微量元素和蛋白质，具有清心去热、生津止渴等多种功效怀孕期间可以吃的，怀孕期间注意饮食营养均衡，不要偏食，不要吃辛辣生冷食物。莲子具有清心火，平肝火，止血，固精的功效
莲子芡实具有健脾和胃，补中益气，生津止渴的功效。可用于治疗遗精，滑精，慢性泄泻，小便频繁，遗尿，四肢无力，腰膝酸软，老年尿频，失眠，健忘，多梦，胸闷气短，食欲不振等。对女性白带异味，外阴瘙痒，宫寒所引起的盆腔炎，子宫内膜炎，附件炎，都有很好的缓解治疗作用。可增强人体的免疫力，抗衰老，抗氧化。忌：产妇，婴儿，便秘者慎用。