肛周脓肿根治性切除术后大约4-6周愈合，具体愈合时间与脓肿部位、大小及患者体质有关。该病由于肛门腺腺体感染引起，治疗肛周脓肿过程中，须尽快寻找脓肿来源，进行根治性脓肿切除。
肛周脓肿的病人手术以后出血是创面出血正常的一种表现，这时候最主要的治疗手段是进行静脉的抗感染治疗。同时每次排便之后及时进行清洗和作浴，也能够减轻炎症反应，可以减轻出血的症状。
疼痛是由于瘢痕形成造成肛门的不适感及疼痛，斑痕逐渐软化需要3个月左右，到肛肠科就诊检查，检查肛门镜及肛门指诊，看切口恢复的情况，可以用点止痛药，保持大便通畅，排便后清洗肛门，用温水坐浴，饮食方面清淡饮食避免辛辣食物刺激。
肛周脓肿手术一般会造成肛门周围的组织受损，但是不影响正常排便，大便一定要定时解掉，不然引起便秘会更加难处理。大便后用清水洗一下肛门周围，保证肛门的卫生，平时饮食要注意保持清淡，以流质食物为主。
肛周脓肿经过手术以后，是有一定的复发率的，它的复发率经过统计，是在2%-5%之间。肛周脓肿术后复发的原因有以下几点：第一就是肛周脓肿位置过深，范围过大，造成手术切开不充分，术后深部创面的炎性组织、物质不能得到充分的引流。第二点就是经过手术以后，排便粪便中的细菌再次感染手术创面，造成二次感染，这也是肛周脓肿术后复发的主要原因之一。